I. 「온실가스 목표관리제」의 개편 배경
환경부는 지난 2010년 제정된 「저탄소 녹색성장 기본법1 」 및 「온실가스 목표관리 운영 등에 관한 지침」에(이하 “목표관리제 지침”) 따라 온실가스 목표관리제(이하 “목표관리제”)를 시행하고 있습니다. 목표관리제는 배출량 기준(연평균 5만톤 이상이거나 사업장 기준 1.5만톤 이상)을 충족하는 업체를 관리업체로 지정하여 온실가스 감축목표를 부여하고 이에 대한 준수 여부를 평가∙관리하는 제도이고 배출권거래제와 더불어 온실가스 다배출업체를 관리하는 주요 제도 중 하나입니다. 2025년 기준 약 325개의 기업들이 목표관리제를 적용 받는 관리업체로 지정되어 있습니다.
정부는 최근 목표관리제 운영 방식을 개편하여 2025년 하반기에 변경된 방식에 따른 제도운영 준비 후 2026년부터 본격적으로 적용할 예정입니다. 관리업체 또는 관리업체로 지정될 가능성이 있는 업체들이 반드시 파악해야 하는 목표관리제 주요 변경 사항을 다음과 같이 정리하였습니다.
II. 주요 내용
목표관리제 개편을 담은 「기후위기 대응을 위한 탄소중립∙녹색성장 기본법」(이하 “탄소중립기본법”)의 개정 시행령(이하 “시행령”) 및 목표관리제 지침은 2025년 4월 8일 및 4월 11일에 각 시행되었습니다. 변경된 주요 내용은 다년도 계획기간 도입, 관리업체 지정 절차 개선, 감축목표 설정 및 이행실적 평가 방식의 개선, 유연성 기제 도입, 개선명령 및 과태료 부과 운용 방식의 변경입니다.
1. 다년도 계획기간 도입 (시행령 제19조 제3항, 제20조, 제21조)
관리업체에 대한 온실가스 목표 관리 기간을 기존 1년 단위에서 5년 단위의 계획기간으로 변경하였습니다. 즉, 개편된 제도 하에서는 관리업체를 계획기간 전년도의 6월 30일까지 지정하도록 하고 해당 관리업체의 감축목표 설정 기간을 5년 단위 계획기간으로 확대하여 업체의 체계적인 온실가스 감축계획 실행을 유도하고 행정절차를 효율화 하는 방향으로 개정되었습니다. 제사한 변경 내용은 아래와 같습니다.

2. 감축목표 설정 및 이행실적 평가 방식의 개선
1) 감축목표를 관리업체별 절대량 기반 목표로 설정 (목표관리제 지침 제24조)
개편된 제도에서는 각 관리업체의 목표관리를 위한 기준연도를 관리업체로 지정된 연도의 직전 3개년으로 하고, 이 기간의 연평균 온실가스 배출량을 기준연도 배출량으로 하도록 하였습니다. 또한, 관리업체의 선택에 따라 기준연도 배출량을 앞서 설명한 최근 3개년 연평균 값이 아닌 국가 온실가스 감축목표의 기준연도인 2018년 배출량으로 정할 수 있도록 하였습니다. 예를 들어 2025년 지정된 관리업체의 경우, 2022년~2024년의 3개년 연평균 배출량 또는 2018년 배출량을 기준연도 배출량으로 선택할 수 있도록 한 것입니다.
2) 이행실적 평가방식의 개선 (목표관리제 지침 제26조, 제33조, 제34조)
다년도 목표관리 기간의 도입으로 평가방식도 변경됩니다. 지정은 5년 단위 계획기간에 속하는 이행연도 별로 목표를 부여하고 그 이행실적을 관리하되, 해당 계획기간 내에서는 관리업체가 이후 설명드릴 유연성 메커니즘에 속하는 이월/차입, 상쇄 등을 활용하여 목표이행을 이전 대비 효율적으로 실행할 수 있도록 하였습니다.
3) 배출허용량 사후조정 (목표관리제 지침 제33조)
기존 단년도 목표설정 체계에서는 관리업체 별 목표 설정 대상연도의 신·증설 등을 포함한 예상배출량을 기준으로 하였으나, 개편된 다년도 계획기간 내에서는 기준기간의 실제 배출 실적을 기준으로 설정하고, 특정 요건을 충족하는 경우 배출허용량을 사후 조정하는 것으로 변경하였습니다.
특히 관리업체 사업장의 신∙증설 이외에 기존 배출시설의 가동률 증가 또는 감소에 따라 배출허용량을 추가하거나 차감 조정하는 것은 유의해야 할 부분입니다. 즉, 목표관리제 지침은 사업장 내 기존 배출시설의 가동률이 기준연도에 비하여 100분의 115 이상인 경우 배출허용량을 추가하도록 규정하고 있습니다. 또한, 한국에너지공단이 2025년 7월에 발표한 목표관리제 제도 개편 방안에 따르면 일부 배출시설의 가동중지, 정지, 폐쇄 등에 따라 배출량이 당초 설정한 배출허용량 대비 50% 이하로 감소한 경우에는 당초 허용량을 차감하도록 하고 있습니다. 이는 관리업체 별 배출 허용량의 사후 조정을 통해 업체 별 목표 배출량 왜곡을 최소화하기 위한 것으로 보입니다.
3. 유연성 기제 도입(목표관리제 지침 제33조의2, 제33조의3)
배출권거래제와 유사하게 관리업체의 감축 여력을 고려하고 유연한 온실가스 감축을 유도하기 위한 방안으로 계획기간 내 이행 연도별 배출허용량의 이월 및 차입을 허용하고, 목표달성에 상쇄를 활용할 수 있도록 하였습니다.
1) 계획기간 내 이월
이행연도 목표를 달성해 여분의 배출허용량이 있는 관리업체의 경우는 관장기관의 승인 후 배출허용량과 이행실적의 차이인 초과감축량을 해당 계획기간 내에서 다음 이행연도로 이월이 가능합니다.
2) 차년도 배출허용량 차입
계획기간 내 특정 이행연도의 배출허용량을 초과하여 배출한 경우 다음 이행연도 분 배출허용량의 일부를 차입하여 해당 이행연도의 배출허용량에 추가할 수 있으며, 차입한도는 해당 이행연도 배출허용량의 100분의 15입니다.
3) 외부사업 인증실적을 활용한 상쇄
개편된 제도하에서 관리업체는 「온실가스 배출권의 할당 및 거래에 관한 법률」 제29조에 따른 외부사업 온실가스 감축량을 목표달성을 위한 이행실적으로 활용할 수 있습니다. 즉, 관리업체의 이행연도 배출량이 해당 연도 배출허용량을 초과한 경우, 해당 이행연도 배출허용량의 최대 100분의 10에 해당하는 외부사업 인증실적(KOC)을 사용할 수 있도록 한 것입니다.

III. 향후 일정 및 시사점
부문별 관장기관은 지난 2025년 7월 28일, 목표관리제 관리업체의 제1차 계획기간(26년~30년)의 배출허용량 산정을 위해 기준연도 배출량 조사표를 배포하였으며 8월 말까지 이를 바탕으로 업체별 기준배출량을 확정할 계획입니다.

기준배출량이 확정되면, 관리업체는 배출량산정계획서를 제출(12월 말까지)하는 것으로 26년부터 개편될 목표관리제 준비를 마치게 됩니다. 관리대상 업체 및 신규 지정 기업들은 기존 대비 변경된 목표관리제 제도 운영방식에 대한 정확한 이해를 바탕으로 차질없이 제도를 이행할 필요가 있습니다.
- 2010년에 제정된 저탄소녹생성장기본법에 따라 목표관리제를 시행하였고 이후 저탄소녹색성장기본법은 2021년에 제정된 탄소중립기본법으로 대체되었음

