I. 개요
기획재정부는 2025년 7월 31일 세제발전심의위원회 전체회의를 개최하여 “2025년 세제개편안”을 발표하였습니다.
법무법인(유한) 태평양은 “2025년 세제개편안” 중 관세 분야의 주요 내용 및 시사점에 대하여 정리하였습니다. 아래 내용과 관련하여 문의사항이나 도움이 필요하신 사항이 있다면 언제든지 연락 주시기 바랍니다.
아울러 최근 관세청에서는 관세평가 운영에 관한 고시 개정을 통하여 수입 시 가격신고 제도를 개편하고 과세가격 신고자료 일괄 제출 제도를 도입하였습니다. 관세청은 AEO 업체, ACVA 업체, 전년도 납부세액 5억 미만인 업체를 제외한 수입업체 약 1만여 곳에 관련 내용에 대한 안내문을 일괄 우편 발송하였으며, 새로운 제도는 9월 1일부터 본격적으로 시행 예정입니다. 허나 많은 기업은 이에 대한 준비가 미비한 상태이며, 제도 시행 후 자료 제출 범위 등과 관련하여 적지 않은 혼란이 예상되는 상황입니다.
법무법인(유한) 태평양은 다수의 관세조사 대응, ACVA 컨설팅, 과세가격 및 이전가격 자문 경험을 토대로 고객들께 실무 맞춤형 해답을 제공하고 있는바, 동 고시 개정에 대해 문의하실 사항이 있으시면 언제든지 연락 주시기 바랍니다.
II. 2025년 세제개편안 중 관세분야 주요 내용 및 시사점
1. 세율불균형물품 제조·수리공장 지정기간 연장
♦ 관련 법령 : 관세법 §89③, 관세령 §113
♦ 주요 사항
| 현행 | 개정안 |
|---|---|
| 세율불균형 물품* 제조·수리공장 지정기간 * 완제품보다 부분품 및 원재료의 관세율이 높은 물품(반도체 제조용 장비, 항공기)으로, 지정공장에서 사용하는 부분품 및 원재료에 대해 관세 감면(20~100%) | 지정기간 연장 |
| 3년 이내 | 3년 → 10년 |
♦ 적용시기 : ‘26.1.1. 이후 지정하는 분부터 적용
♦ 시사점
현행 관세법상 과세보류 상태의 물품을 취급하는 보세공장에 대해서는 최장 10년의범위 내에서 특허를 부여 중이나, 수입통관 된 내국물품을 취급하는 세율불균형물품 제조·수리공장의 지정기간은 3년에 불과하여 업체와 세관의 업무부담이 적지 않았습니다. 특히 그간 운영실태를 보면 지정요건 미달로 인한 지정취소 사례가 없었고, 다수의 지정공장이 갱신을 반복하며 장기간 운영 하고 있었습니다.
이러한 실태를 반영하여 세율불균형물품 제조·수리공장의 지정기간을 3년에서 10년으로 크게 연장하였으며, 지정공장 갱신을 위해 관련 협회 승인을 득하고 연장 신청 시 다수 서류를 준비하여야 했던 기업 입장에서는 편의가 크게 완화되었습니다.
한편 상기 법개정과 별도로 최근 관세청은 “관세법 제89조 제1항 제1호 감면물품의 양도시 업무 지침”을 일선세관에 시달하였습니다(통관물류정책과-1054, 2025. 04. 14.).
기존에는 양수도 시 양도인은 모든 물품에 대하여 사후신고를 진행하였는바, 항공기 제조(수리)공장 감면물품 양도 신고서와 관련 서류{사업자 등록증, 제조(수리)공장 지정승인서, 수입신고필증 사본, 판매 관련 서류(Sales note), 신청 공문 등}를 “건별”로 준비하다 보니 업체의 업무부담이 상당하였습니다.
그러나 새로운 업무지침 시달에 따라 관세법 제89조 제1항 제1호에 따라 관세감면을 적용받은 항공기(부분품)을 타 지정공장으로 양도하는 경우, 지정공장 운영인은 양수도 내역 관리대장을 작성, 보관(수입신고 수리후 3년 이내 물품에 한함)하고 실태 점검 시 점검 1주일 전까지 관할지 세관장에게 내역을 제출하는 것으로 종전 실무상 처리 절차를 대폭 간소화 하였습니다.
법무법인(유한) 태평양은 세율불균형물품 양수도와 관련한 업계의 애로사항을 확인하여, 관세청과 장기간에 걸친 논의 끝에 위와 같이 절차를 간소화하는 방향으로 협의사항을 도출하였습니다. 관련하여 문의사항이 있으신 경우 언제든지 연락 부탁드립니다.
2. 관세 중복조사금지 대상 구체화 및 사전통지기간 합리화
1) 관세조사 중복조사금지 대상 구체화
♦ 관련법령 : 관세법 §111②
♦ 주요 사항
| 현행 | 개정안 |
|---|---|
| 관세조사권 남용 금지 | 중복조사 금지 대상 구체화 |
| (원칙) 필요 최소한의 범위 조사 의무, 다른 목적 등을 위한 조사권 남용 금지 | (좌 동) |
| (중복조사 금지 대상*) 조사받은 해당 사안 * (예외) 탈루 혐의 명백, 이미 조사받은 자의 거래상대방 조사, 행정심판 등의 재조사 결정, 세관공무원에게 금품 제공·알선한 경우, 탈세혐의 일제조사 | 조사받은 관세조사의 조사통지에 포함된 조사대상(기간 및 범위) |
♦ 적용시기 : ‘26.1.1. 이후 관세조사하는 분부터 적용
♦ 시사점
관세법 제111조 제2항에서는, 세관공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 관세조사 시 해당 사안에 대하여 이미 조사받은 자를 다시 조사할 수 없다고 하여 중복조사 금지의 원칙을 규정하고 있습니다.
- 관세탈루 등의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우
- 이미 조사받은 자의 거래상대방을 조사할 필요가 있는 경우
- 제118조제4항제2호 후단 또는 제128조제1항제3호 후단(제132조제4항 본문에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 재조사 결정에 따라 재조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 재조사에 한정한다)
- 납세자가 세관공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우
- 그 밖에 제1호부터 제4호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우
그러나 현행 규정상으로는 중복조사금지의 대상이 “해당 사안”이라고만 추상적으로 규정되어 있어 관세조사 당국과 납세자 간 혼란과 이견이 지속적으로 발생하였고, 이에 따라 중복조사금지의 대상을 “(종전)관세조사통지에 포함된 조사대상(기간 및 범위)”으로 명확화하였습니다.
향후 관세조사를 받는 기업은 선행 관세조사 시 조사통지서에 기재된 조사대상 기간 및 범위에 대해서는 이후 관세조사에서 중복조사금지 원칙을 근거로 조사 제외를 요구할 수 있는바, 납세자 권익제고 측면에서 긍정적인 개정 사항으로 판단됩니다.
2) 관세조사 관련 통지 합리화
♦ 관련법령 : 관세법 §114①, ③·④ 신설
♦ 주요 사항
| 현행 | 개정안 |
|---|---|
| 관세조사 사전통지 | 사전통지 기간 합리화 및 조사통지·변경통지 신설 |
| 조사 시작 15일 전 조사 대상, 조사 사유 등 통지* * (제외) 범칙사건을 조사하는 경우, 사전통지 시 증거인멸등으로 조사 목적을 달성할 수 없는 경우 | 15일 → 20일 (불복 청구 등의 재조사결정에 따른 재조사의 경우에는 7일) |
| <신 설> | 증거인멸 우려로 사전통지 하지 않은 경우에는 조사개시일에 조사 대상 및 조사 사유 통지 |
| <신 설> | 조사대상 변경 시 변경사항 및 변경사유 통지 |
♦ 적용시기 : ‘26.1.1. 이후 통지하는 분부터 적용
♦ 시사점
관세조사를 통지받은 업체는 ① 대리인 선정, ② 수검실 준비, ③ 기초 제출자료 준비, ④ 관세조사팀 별도 요청자료(예: 수입-지급 차액 확인 요청 등) 준비 등 짧은 시간 동안 관세조사 대응 준비를 진행하게 되는바, 관세조사의 경우 사전통지기간이 세무조사 사전통지기간(20일)보다 짧아 업체 입장에서 많은 애로사항이 있었습니다.
금번 개정을 통해 관세조사 사전통지 기간이 15일에서 20일로 연장되어 조사대상 업체는 관세조사 수검에 시간적 여유를 가지고 대응할 수 있을 것으로 판단됩니다. 다만, 그만큼 조사팀에서는 충실한 사전 준비자료를 요청할 것으로 보이며 만약 현장조사 개시 후 초기 제출 자료 등이 미비할 경우 강도 높은 조사 분위기를 유지할 것으로 예상됩니다.
각 기업에서는 관세조사 통지 이전부터 관세 및 외국환 TFT를 구성하고, 관련 담당자를 대상으로 주기적인 관세조사 대응 준비 등을 수행하여야 할 것입니다. 또한 관세진단 등을 통해 관세조사에 준하는 수준의 자료 준비 방법론 등을 확인하고, 주요 준비 양식 등을 사전 공유하여 데이터에 대한 주기적 관리 등이 필요할 것으로 판단됩니다.
3. 품목분류 사전심사 시 신고불성실 가산세 감면 사유 확대
♦ 관련 법령 : 관세법 §42의2①
♦ 주요 사항
| 현행 | 개정안 |
|---|---|
| 신고불성실 가산세 감면 사유 | 감면 사유 확대 |
| ACVA* 결과통보 후 2개월 내 수정신고 등 * Advance Customs Valuation Arrangement 특수관계자 간 거래 물품에 대한 과세가격 사전심사 제도 | (좌 동) |
| <추 가> | 품목분류 사전심사 결과를 통보받고 2개월 내 수정신고 (사전심사 신청 이후 해당 물품을 수입신고한 경우로 한정) |
♦ 적용시기 : ‘26.1.1. 이후 수정신고하는 분부터 적용
♦ 시사점
현행 규정에 따르면, 관세법 제37조 제1항 제3호에 관한 사전심사(ACVA)의 결과를 통보받고 그 통보일부터 2개월 이내에 통보된 과세가격의 결정방법에 따라 해당 사전심사의 결과를 통보받은 날 전에 신고 납부했던 세액을 수정신고하는 경우 수정신고에 따른 부족세액의 10%에 해당하는 신고불성실 가산세가 면제되었습니다.
이번 개정에 따라, 품목분류 사전심사 결과를 통보받은 후 세율 등이 변경되어 2개월 이내 수정신고 하는 경우에도 동일하게 부족세액의 10%에 해당하는 신고불성실 가산세가 면제됩니다. 향후 기업 입장에서는 품목분류 사전심사 제도를 적극적으로 활용하여야 할 것입니다.
4. 우회덤핑 과세 범위 확대
♦ 관련법령 : 관세령 §71의2~7·§71의9
♦ 주요 사항
| 현행 | 개정안 |
|---|---|
| 우회덤핑 과세 유형 | 우회덤핑 과세 유형 확대 |
| 공급국 안 경미한 변경 | 경미한 변경(장소 제한 없음*) * 공급국 + 제3국 + 국내 보세구역 |
| <추 가> | 제3국에서 덤핑물품으로 조립·완성 |
♦ 적용시기 : ‘26.1.1. 이후 조사를 개시하는 분부터 적용
♦ 시사점
현행 관세법상 우회덤핑 물품에 대한 덤핑방지관세 부과 규정이 존재하나, 그 대상이 되는 우회덤핑의 유형이 ’공급국 내 경미한 변경’으로 한정되어 있었습니다.
금번 개정을 통해 ‘공급국 내 경미한 변경’ 외에도 ‘제3국 또는 국내 보세구역 내 경미한 변경’, ‘제3국 조립·완성’을 우회덤핑 유형에 포함하여 덤핑방지관세 부과가 가능하도록 함에 따라 불공정 무역행위 방지 및 국내산업 보호를 위한 신속한 반덤핑조치가 가능하게 되었습니다.
사례를 통해 살펴보면, 기존 제3국 경미한 변경만을 우회 덤핑방지관세 부과 대상에서 검토하였던 것을 확장하여 제3국 조립, 완성의 경우에도 우회 덤핑방지관세를 부과하는바 덤핑방지관세 적용 대상 여부에 대한 각 기업의 면밀한 거래구조 판단이 요구되는 바입니다.
| 구분 | 내용 |
|---|---|
| 철강재에 부과중인 덤핑방지관세를 회피하기 위하여 제3국에서 다음과 같은 행위를 하는 경우 우회 덤핑방지관세 부과 | |
| 제3국 내 경미한 변경 | 덤핑방지관세 부과중인 A국산 강판을 B국에서 컬러 도색만 한 후 한국으로 수입 |
| 제3국 조립·완성 | A국산 냉간압연(덤핑물품)의 원재료인 열간압연을 B국에서 냉간압연으로 가공하여 한국으로 수입 |
최근 관세청은 2025년 4월 14일부터 2025년 7월 22일까지 100일간 「반덤핑 기획심사 전담반(38명)*」을 편성하여 덤핑방지관세 부과 회피 행위 특별점검을 실시한 결과 19개 업체, 428억 원 규모의 덤핑방지관세 회피 행위를 적발하였습니다.
* 본청 공정무역심사팀 및 서울·부산·인천세관 총 4개 심사팀
이번 점검은 상호관세 부과 등 미국 행정부의 강화된 관세정책으로 인해 대미 수출이 어려워진 제3국이 한국 시장으로 저가 수출을 시도하는 과정에서 덤핑방지관세를 회피하기 위한 불법행위 가능성이 커짐에 따라 실시된 조치로 해석됩니다. 점검 결과를 유형별로 살펴보면, ① 덤핑방지관세가 부과되지 않는 품목번호·규격으로 신고, ② 낮은 덤핑방지 관세율이 적용되는 공급사의 명의를 이용한 허위신고, ③ 가격약속품목을 수입하면서 약속 가격과 다르게 조작한 업체 등이 적발되었습니다.
관세청은 향후 덤핑방지관세 회피가 우려되는 거래 혹은 우회덤핑 시도 등에 대해서는 기획재정부, 무역위원회에도 통보하는 등 지속적으로 관리를 강화할 것으로 보입니다.
5. 보세공장 생산 제품의 혼용비율·원료 과세 신청 기한 합리화(관세법 §188·§189)
♦ 관련법령 : 관세법 §188·§189
♦ 주요 사항
| 현행 | 개정안 |
|---|---|
| 보세공장 제조·가공 물품의 국내 반입 시 과세방법 | 혼용비율과세, 원료과세 신청기한 합리화 |
| 원칙 : ① / 신청·승인시 : ② 또는 ③ | (좌 동) |
| ① (제품 과세) 보세공장에서 생산한 물품을 물품의 성질·수량에 따라 과세 ※ 관세액 = 제품가격 × 품목별 세율 | (좌 동) |
| ② (혼용비율 과세) 내·외국 원재료 혼용 전 신청·승인 시 외국원재료 혼용비율에 따라 과세 ※ 관세액 = 제품가격 × 품목별 세율 × 외국원재료 혼용비율 | 원재료 혼용 전 신청 → 수입신고 전 신청 |
| ③ (원료 과세) 외국 원재료 사용신고 전 신청 시 외국원재료의 성질·수량에 따라 과세 ※ 관세액 = 외국원재료 가격 × 품목별 세율 | 외국 원재료 사용신고 전 신청 → 수입신고 전 신청 |
♦ 적용시기 : ‘26.1.1. 이후 수입신고하는 분부터 적용
♦ 시사점
보세공장에서 제조, 가공한 물품을 국내로 반입하는 경우 수입신고 및 관세를 납부하여야 하는바, 이때 과세 방법은 제품과세가 원칙이나 납세자가 신청에 따라 세관장이 승인하는 경우에는 외국원재료 혼용비율 과세 또는 원료과세가 가능합니다.
종전 규정에 따르면 외국원재료 혼용비율 과세는 외국원재료 혼용신고 전, 원료과세는 외국원재료 사용신고 전까지 신청·승인을 받아야 했으나 이번 개정을 통해 수입신고 전 신청하는 것으로 기한이 변경됨에 따라, 납세자 편의가 제고되었습니다.
6. 관세환급 관련 증명서 자율발급 절차 신설(환특령 §12·§13)
♦ 관련법령 : 환특령 §12·§13
♦ 주요 사항
| 현행 | 개정안 |
|---|---|
| 증명서* 발급 절차 * 평균세액증명서, 수입세액분할증명서, 기초원재료납세증명서 | 자율발급 절차 신설 |
| 세관장 발급 : 발급 신청서 제출 → 세관장 심사 후 발급 | (좌 동) |
| <신 설> | 자율발급 - (지정신청) 자율발급 하고자 하는 자(원재료 수입자, 관세사 등)는 세관장에 지정 신청 - (유효기간) 지정 후 3년 - (발급방법) 증명서 내용 및 증빙서류를 관세청 전산처리설비에 입력 |
♦ 적용시기 : 개정 시행령 시행일 이후 자율발급 지정 신청하는 분부터 적용
♦ 시사점
종전 규정에 따르면, 수출용원재료에 대한 관세를 환급받고자 하는 자는 평균세액증명서, 기초원재료납세증명서(이하 “기납증”), 수입세액분할증명서(이하 “분증”) 등 증명서류를 세관장에게 신청하여 발급받아야만 하였습니다.
기존에도 환특법 제11조(평균세액증명) 제2항, 제12조(기초원재료납세증명 등) 제2항에 규정에 따라, 세관장은 수출용원재료를 수입한 자 또는 위임받은 관세사로 하여금 관련 서류를 발급하게 할 수 있었습니다. 다만, 이 경우 수출용 원재료에 대한 관세 등 환급사무처리에 관한 고시 제57조(P/L발급업체 등 지정)에 근거한 P/L 발급 업체 또는 P/L 발급 관세사에 한정하여 운영되었습니다.
금번 시행령 개정에 따라 세관장으로부터 자율발급 지정을 받은 업체는 증명서 내용 및 증빙서류를 관세청 전산설비에 입력하는 방식으로 증명서 자율발급이 가능해짐에 따라 수출기업의 편의가 대폭 제고되었습니다.
