- 12월 5일(금)부터 12월 26일(금)까지 3주간 관세청 홈페이지에서 의견 접수 I. 개요 세관장이 발급하는 수정수입세금계산서(관세조사 시 추징 risk에 대한 부가가치세 매입세액공제와 연계)의 경우, ① 과거 원칙 미발급, 예외 발급 에서 지난 2023년 1월 1일 부가가치세법 개정 이후 ② 원칙 발급, 예외 미발급 으로 정책 기조가 변경되었습니다. 내용 발급 및 제한 (23.01.01 이후) 적용 세관장이 결정·경정하거나 세관장의 결정·경정 전에 수입자가 수정신고 등을 하는 경우 원칙 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하는 경우 및 관세조사 등 대통령령으로 정하는 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액이 결정 또는 경정될 것을 미리 알고 그 결정·경정 전에 관세법에 따라 수정신고 하는 경우 하기 사항을 제외하고 발급 허용 (원칙적 발급, 예외적 발급 제한) 예외 ① 관세법상 벌칙(관세포탈, 부정감면 · 환급, 가격조작, 허위신고) 적용 ② 부당한 방법 (허위증명, 세액심사 필요자료 파기, 거래은폐, 기타 부정행위 등) ③ 동일한 신고오류 반복 등 (하기 사항 외 오류정보 미조치, 가격신고 시 사실관계 명백히 다른 경우 등) 관세조사 등을 통해 이미 통지 받은 오류를 다음 신고시에도 반복하는 경우 특수관계거래 관련 과세자료 제출 명령에 불응하거나 거짓으로 제출한 경우 법령 개정 이후 다수 기업에서는 관세조사 시 추징이 발생하더라도 수정수입세금계산서는 당연히 발급되어야 할 사안으로 인지하였고, 이로 인하여 관세조사 시 부가가치세는 실질 risk 에서 제외하였습니다. 특히 대다수 수입 품목에 FTA 0% 세율이 적용되는 기업의 경우 설령 관세조사가 진행되더라도 부가가치세에 대한 가산세 및 가산이자 Risk만 고려 하므로 상대적으로 중요성을 낮게 판단 하였습니다. 그러나 최근 수정수입세금계산서 발급 가능 여부에 관하여 과세관청과 납세자 간 해석 차이(발급 대상 여부)로 인한 분쟁이 다수 발생하였습니다. 이에 관세청은 부가가치세법령에서 규정하고 있는 수정수입세금계산서 미발급 기준에 대한 실무 운영 가이드라인 을 담은 「수정수입세금계산서 발급 지침(안)」을 마련하여 12월 5일(금)부터 외부 의견 수렴을 실시한다고 밝혔습니다. 동 건은 수출입 및 관세조사와 관련된 모든 기업에 매우 “직접적인” 영향을 미칠수 있는 까닭에 , 주의깊게 검토할 필요가 있습니다. ‣ 의견 수렴 기간 : 2025년 12월 5일부터 2025년 12월26일까지 (3주간) ‣ 의견 제시 방법 : 관세청 홈페이지(www.customs.go.kr)를 통해 지침 전문을 확인하고, 관련 의견을 제출(e-mail : hijk@korea.kr) 본 지침(안)은 의견 수렴 절차를 거친 후, 내년 1월 1일(목)부터 일선 세관의 수정수입세금계산서 발급 업무에 적용될 예정 입니다. 이명구 관세청장은 "이번 지침으로 수정수입세금계산서 발급과 관련한 납세자의 혼란을 최소화하고, 세관 업무의 통일성을 확보해 투명하고 예측 가능한 납세 환경을 조성할 수 있을 것으로 기대한다"며, "접
