관세청, 『수정수입세금계산서 발급 지침』 마련, 업계 의견수렴 실시

- 12월 5일(금)부터 12월 26일(금)까지 3주간 관세청 홈페이지에서 의견 접수

I.    개요

세관장이 발급하는 수정수입세금계산서(관세조사 시 추징 risk에 대한 부가가치세 매입세액공제와 연계)의 경우, ① 과거 원칙 미발급, 예외 발급에서 지난 2023년 1월 1일 부가가치세법 개정 이후 ② 원칙 발급, 예외 미발급으로 정책 기조가 변경되었습니다. 

내용	발급 및 제한 (23.01.01 이후)
적용	세관장이 결정·경정하거나 세관장의 결정·경정 전에 수입자가 수정신고 등을 하는 경우
원칙	세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하는 경우 및 관세조사 등  대통령령으로 정하는 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액이 결정 또는 경정될 것을 미리 알고 그 결정·경정 전에 관세법에 따라 수정신고 하는 경우 하기 사항을 제외하고 발급 허용 (원칙적 발급, 예외적 발급 제한)
예외	① 관세법상 벌칙(관세포탈, 부정감면**·****환급, 가격조작, 허위신고)**적용 ② 부당한 방법 (허위증명, 세액심사 필요자료 파기, 거래은폐, 기타 부정행위 등) ③ 동일한 신고오류 반복 등 (하기 사항 외 오류정보 미조치, 가격신고 시 사실관계 명백히 다른 경우 등) - 관세조사 등을 통해 이미 통지 받은 오류를 다음 신고시에도 반복하는 경우 - 특수관계거래 관련 과세자료 제출 명령에 불응하거나 거짓으로 제출한 경우

법령 개정 이후 다수 기업에서는 관세조사 시 추징이 발생하더라도 수정수입세금계산서는 당연히 발급되어야 할 사안으로 인지하였고, 이로 인하여 관세조사 시 부가가치세는 실질 risk 에서 제외하였습니다. 특히 대다수 수입 품목에 FTA 0% 세율이 적용되는 기업의 경우 설령 관세조사가 진행되더라도 부가가치세에 대한 가산세 및 가산이자 Risk만 고려하므로 상대적으로 중요성을 낮게 판단 하였습니다. 그러나 최근 수정수입세금계산서 발급 가능 여부에 관하여 과세관청과 납세자 간 해석 차이(발급 대상 여부)로 인한 분쟁이 다수 발생하였습니다.

이에 관세청은 부가가치세법령에서 규정하고 있는 수정수입세금계산서 미발급 기준에 대한 실무 운영 가이드라인을 담은 「수정수입세금계산서 발급 지침(안)」을 마련하여 12월 5일(금)부터 외부 의견 수렴을 실시한다고 밝혔습니다. 동 건은 수출입 및 관세조사와 관련된 모든 기업에 매우 “직접적인” 영향을 미칠수 있는 까닭에, 주의깊게 검토할 필요가 있습니다.

‣ 의견 수렴 기간 : 2025년 12월 5일부터 2025년 12월26일까지 (3주간)

‣ 의견 제시 방법 : 관세청 홈페이지(www.customs.go.kr)를 통해 지침 전문을 확인하고, 관련 의견을 제출(e-mail : hijk@korea.kr)

본 지침(안)은 의견 수렴 절차를 거친 후, 내년 1월 1일(목)부터 일선 세관의 수정수입세금계산서 발급 업무에 적용될 예정입니다. 이명구 관세청장은 "이번 지침으로 수정수입세금계산서 발급과 관련한 납세자의 혼란을 최소화하고, 세관 업무의 통일성을 확보해 투명하고 예측 가능한 납세 환경을 조성할 수 있을 것으로 기대한다"며, "접수된 의견을 면밀히 검토하여 최종 지침에 적극 반영하겠다"고 밝혔습니다.

II.    주요 내용

1.    목적

이번 지침은 미발급 사유별 처리 기준을 구체화해 납세자의 예측 가능성을 높이고, 전국 세관의 발급 업무 기준을 통일하여 법적 안정성을 제고하는 데 목적이 있습니다. 또한 그간 불명확한 ‘미발급 사유’로 인해 발생하던 행정적 해석 논란을 최소화하여 기업들의 성실신고를 유도하고, 기업의 행정적 부담을 완화하는 데 실질적인 도움을 주고자 마련되었습니다.

수입자가 수입 시 세관에 납부한 부가가치세는 수입세금계산서를 발급받아 추후 부가가치세 신고 시 매입세액으로 공제받아 납부세액을 줄일 수 있습니다. 이때, 과세표준이나 세액이 변경되면 매입세액도 달라지므로 이를 정확히 반영하기 위해 수정수입세금계산서가 필요합니다. 

원칙적으로 세관장의 경정 또는 수입자의 수정신고 시 수정수입세금계산서가 발급되지만, 관세포탈 행위 등 부가가치세법령상 일정 기준에 해당하는 경우에는 발급이 제한되어 추가로 납부한 부가가치세에 대해 매입세액 공제를 받을 수 없습니다.

[수정수입세금계산서 미발급기준]

(부가가치세법 제35조 제2항 및 같은법 시행령 제72조 제4항)

‣ 미발급 사유 

1. 관세포탈 등의 사유로 고발되거나 통고처분 받은 경우

2. 부정한 행위로 관세의 과세표준 또는 세액을 과소신고한 경우

3. 대통령령으로 정한 중대한 잘못이 있는 경우

   1. 특수관계거래에 대한 과세자료 미제출 또는 거짓 제출
   2. 관세조사 등 결과 통지에도 같은 오류를 다음 신고시 반복
   3. 보정신청을 하도록 통지하였으나 보정·수정을 하지 않는 경우
   4. 가격신고시 수입거래에 관한 사항을 적은 서류 및 과세자료의 내용이 객관적  사실과 명백히 다른 경우 등 해당 서류 또는 과세자료에 중대한 하자가 있는 경우

관세청은 이러한 법령 취지를 고려하여 ‘수정수입세금계산서 미발급 대상’의 판단 기준을 명확하게 정리한 「수정수입세금계산서 발급 지침(안)」을 마련하였습니다.

특수관계자 거래 시 과세자료 미제출에 대한 미발급 조항에서는 제출대상 과세자료의 종류를 구체적으로 규정하고, 반복 오류에 대한 미발급 조항에서는 반복 오류 유형 구분표를 마련하였습니다. 

아울러 보정통지 미수정에 대한 미발급 조항에서는 발급대상으로 보는 ‘정당한 사유’의 해당 범위를 정하고, 가격신고(과세자료)의 중대한 하자에 대한 미발급 조항에서는 중대한 하자로 판단할 수 있는 세부 기준을 제시하였습니다. 

2.    세부내용

이번 관세청에서 발표한 「수정수입세금계산서 발급 지침」의 주요 내용은 아래와 같습니다.

(1)    특수관계자 거래시 과세자료 미제출에 대한 미발급 사유 구체화

특수관계자 거래 시 과세자료 미제출에 대한 미발급 조항에서는 제출대상 과세자료의 종류를 구체적으로 규정하였습니다.

※ 과세자료의 종류 (일부발췌)

1. 특수관계자 간 상호출자현황
2. 수입물품 가격산출 내역 등 내부가격 결정자료와 국제거래가격 정책자료
3. 권리사용료, 기술도입료 및 수수료 등에 관한 계약서 등 총 10가지

※ 과세자료 미제출에 해당하는 경우

1. 납세자로부터 제출받은 자료에서 거짓이 확인된 경우

2. 세관장에게 요구받은 자료 전부 또는 일부를 제출하지 않은 경우

(2)    관세조사, 세액심사 등을 통해 납세자가 통지받은 오류를 반복하는 사유 구체화

동일 오류 유형 구분표를 마련하여 해당 연번의 동일 오류를 반복한 경우에 수정수입세금계산서 원칙적 미발급 조치하도록 하였습니다(붙임자료 별표 3 참조). 동건의 경우 BKL 관세팀 해석 상 금번 지침에서 가장 중요한 기준을 설정한 부분으로 판단 되는바, 각 기업별 적용 여부는 개별 상담을 통해 안내 드리습니다. 

※ 오류유형 구분표 (일부발췌)

1. 동일한 물품을 상이한 세번으로 적용한 오류
2. 수수료ㆍ중계료 등 성격이 동일한 수수료의 누락
3. 생산지원(물품, 용역) 비용 누락

(3)    보정통지에도 불구하고 보정·수정하지 않는 경우에 대한 미발급 사유 구체화

납세자가 보정·수정하지 않는 정당한 사유*가 있는 경우 의견 제출의 기회를 부여하고 세관장 검토 후 발급 여부 결정하도록 하였습니다.

* 예) 천재지변ㆍ관세조사 진행 중 ㆍ불복(소송) 진행 중

(4)    가격신고에 중대한 하자가 있는 경우에 대한 미발급 사유 구체화

미발급 사유가 되는 중대한 하자의 종류를 지침에 규정하였습니다.

※ 중대한 하자로 보는 경우 (일부발췌)

1. 가격신고시 과세가격결정자료를 거짓으로 제출한 경우
2. 관세조사 등을 통해 특수관계에 해당함을 문서로 통지받은 후에 사실과 다르게 2회 이상 특수관계에 해당하지 않는다고 신고한 경우
3. 잠정가격신고 대상이 아님을 문서로 통보받은 후에 이의제기가 없고 사실관계가 변경되지 않았음에도 2회 이상 잠정가격신고를 하는 경우 등

상세한 내용은 관세청 발표 붙임자료 1을 참조 부탁드리며, 2025년 10월 14일 화요일 수정수입세금계산서 발급 제도 운영 개선 관련 전문가 의견 수렴에 대하여 BKL 관세팀에서 발송한 붙임자료 2도 함께 참조하여 주시기 바랍니다.

III.    시사점

정부의 세수부족 문제가 심화됨에 따라 징수기관인 관세청의 관세조사 등도 지속적으로 강화될 것으로 예상됩니다. 또한 관세청은 관세조사의 결과에 따른 부가가치세 수정수입세금계산서 미발급 사유를 구체화, 정교화 함으로써 기업들의 관세조사 사전적 대응이 더욱 중요해지는 시기로 보여집니다. 

금번 의견 수렴을 시작으로, 수정수입세금계산서 발급 기준에 대한 내부 지침이 연말까지 정리되고 난 후, 관세청은 차년도 관세조사부터 직접적으로 동 기준을 적용할 것으로 예상됩니다. 아울러, 관세청 및 주요 본부세관 인사이동이 완료됨에 따라 관세조사 기조에 큰 변화 등이 예상됩니다.

기업 입장에서는 선행 관세조사 결과에 대한 history 관리 및 관세 진단 등을 통해 내부 프로세스를 검토하고, 진단 결과에 대해 관세조사 통지 전 수정신고 등을 사전에 이행함으로써 수정수입세금계산서 발급 가능 여부 등을 점검하여야 합니다. 아울러 해외 특수관계자간 거래가 다수 존재하는 기업의 경우 ACVA 등을 통해 과세가격에 대한 안정 장치를 마련하여야 할 것입니다.

이러한 상황 하에 기업의 입장에서는 관세조사시 동종업계 주요 이슈를 사전에 점검하고, 대응책을 마련하여 미연에 방지하고 불필요한 리스크를 제거할 필요가 있습니다. 

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법무법인(유한) 태평양은 다수의 관세조사, 자문, 통상 분야에 대한 다양한 업무 경험과 노하우를 축적하였으며, 관세 Compliance 자문 분야의 탁월한 전문성과 풍부한 실무경험을 가지고 있습니다. 이를 토대로 고객들께 실무 맞춤형 해답을 제공하고 있는바, 관세 및 통상 분야 전반에 관련한 문의사항이 있으시면 언제든지 연락 주시기 바랍니다.