[판례] 지목 변경에 따른 취득세 과세표준인 법인장부가액

(서울고등법원 2023. 5. 11. 선고 2021누56352 판결)

[취지]
토지의 지목 변경에 따른 사실상 취득의 경우에 그 취득세 과세표준은 신빙성이 있는 법인장부가액으로 산정할 수 있고, 택지개발촉진법에 따른 택지조성원가로 산정할 수 없음.

[사안의 요지]

• 원고는 토지의 취득, 개발 및 주택 등의 건설, 공급 등을 목적으로 설립된 지방공사이고, 서울 송파구 문정지구의 사업시행자로서 토지들을 취득하여 단지조성공사를 시행한 후 나대지로 제3자에게 분양 및 공급하고 있다.

• 원고는 문정지구에 있는 이 사건 각 토지에 대한 단지조성공사(이하 ‘이 사건 단지조성공사’라 한다)를 시행하였고, 이로 인하여 이 사건 각 토지의 지목이 대지로 변경되었다. 

• 피고는 이 사건 각 토지의 사용승인일(토지에 따라 2013. 12. 9.부터 2015.2. 3.까지 각각 다름)에 그 지목이 변경됨으로써 원고가 이를 사실상 취득한 것으로 보아, 취득세 등을 부과하면서 문정지구 전체 택지조성원가 중 지목변경 관련항목을 선별한 후, 이를 기초로 1㎡당 단가를 산정하고, 여기에 개별 토지의 면적을 곱하여 산출한 가액을 이 사건 각 토지의 취득세 과세표준으로 하였다.

[판결의 요지]
○ 관련 법리

• 구 지방세법(2016. 12. 27. 법률 제14475호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 토지의 지목변경의 경우 그 지목을 사실상 변경함으로써 가액이 증가한 경우를 ‘취득’으로 보고(제7조 제4항), 지목변경으로 인하여 증가한 가액을 과세표준으로 하되(제10조 제3항 전문), 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령으로 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 시가표준액을 과세표준으로 한다고 정하고 있다(제10조 제3항 후문). 지목변경으로 인하여 증가한 가액의 구체적인 산정 방법에 관하여는 토지의 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 지목변경 이후의 토지에 대한 시가표준액에서 지목변경 전의 시가표준액을 뺀 가액으로 하되(구지방세법 시행령 제17조 본문), 판결문 또는 법인장부로 지목변경에 든 비용이 증명되는 경우에는 그 비용으로 한다(구 지방세법 시행령 제17조 단서). 토지의 지목변경으로 인한 취득세의 경우 법인장부에 의하여 토지의 지목변경에 든 비용(직접비용과 간접비용의 합계액)이 증명되는 경우에는 그 비용을 과세표준으로 하고, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 시가표준액보다 적을 때에는 시가표준액을 기준으로 과세표준을 산정하여야 한다.

• 법인의 장부가액이 사실상의 취득가격에 부합되는지 여부에 관계없이 무조건 법인의 장부가액을 취득세의 과세표준으로 하여야 하는 것은 아니지만, 법인의 장부가액이 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 신빙성이 있는 경우에는 이를 기준으로 과세표준을 산정하여야 한다.

○ 구체적 판단
원고의 법인장부에 의하여 이 사건 각 토지의 지목변경에 든 비용이 어느 정도 증명된다고 볼 수 있으므로, 이 사건 각 토지의 경우 구 지방세법 제10조 제5항 제3호에 따라 법인장부에 의하여 취득세 과세표준을 산정할 수 있는 경우에 해당한다고 봄이 타당하다.

• 원고는 토지의 취득․개발․비축․공급 및 관리 등을 목적으로 하는 지방공사로서 ｢공공기관의 운영에 관한 법률｣ 제39조3)와 기획재정부령인 ｢공기업․준정부기관 회계사무규칙｣에 따라 법인장부를 작성하였고, 매년 회계감사를 통해 그 적정성을 인정받았다. 또한 원고의 법인장부에는 직접비 원장과 간접비 원장이 모두 포함되어 있어 문정지구 개발사업에 소요된 비용 항목을 세부적으로도 확인할 수 있다. 

• 이 사건 각 토지의 지목변경에 든 비용을 정확하게 산정하려면 개별 토지별로 사용승인일을 기준으로 해당 토지의 조성공사에 든 비용을 확인한 후 이를 합산하는 것이 원칙이나, 대규모 택지개발사업에서 개별 토지별로 지목변경 비용을 일일이 산정하는 것은 현실적으로 불가능하다. 이에 원고는 문정지구 전체에 투입된 총 원가를 전체 토지의 면적으로 나누어 1㎡당 지출액을 산정한 후 이 사건 각 토지의 면적을 곱하여 간접적으로 직접비용을 산출하였는데, 개별 토지의 사용승인일을 기준으로 엄밀하게 증명된 비용은 아니라고 하더라도, 원고가 법인장부에서 위와 같은 방식으로 직접비용을 산정한 것은 합리적인 것으로 수긍할 수 있다.

• 원고는 법인장부에서 2014년 이후의 간접비용은 해당 연도 문정지구와 그 외 사업지구의 전체 개발간접비에서 문정지구의 단지조성비 비율을 곱한 금액으로 배분하는 방식에 따라 산정하였고, 2014년 이전의 간접비용은 자료가 존재하지 아니함에 따라 부득이 문정지구와 그 외 사업지구의 전체 간접비 중 문정지구의 간접비 비율을 곱한 금액으로 산정하였다. 비록 원고가 법인장부에 문정지구와 그 외 사업지구의 간접비용을 엄밀하게 구분하여 기재하지는 않았으나, 원고의 법인장부에 2007년부터 2013년까지의 간접비 자료가 없더라도 원고가 법인장부에서 위와 같은 방식으로 간접비용을 산정한 방식은 합리적인 것으로 수긍할 수 있다.

• 한편, 택지조성원가는 택지개발촉진법에 따라 공급하는 국민주택 등의 건설용지를 조성하는 데 소요되는 직․간접비와 투자비에 대한 자본비용을 사전적으로 산출한 추정원가로서, 택지개발지구에 설치하는 간선시설의 기본설계를 종료한 이후에 최초로 택지를 공급하고자 할 때 산정하고, 수용재결금액의 변경 등 특별한 사정변경으로 인하여 조성원가의 증감이 발생하는 경우에 재산정할 수 있으므로, 실제 택지조성이 완료된 시점에서의 지목변경에 소요된 비용과는 차이가 발생할 수 있다.

[Note]
대상판결은 토지의 지목변경으로 인한 취득세의 경우 신빙성이 있는 법인장부에 의하여 토지의 지목변경에 든 비용이 증명되는 때에는 그 비용을 과세표준으로 하고, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 시가표준액보다 적을 때에는 시가표준액을 기준으로 과세표준을 산정하여야 한다는 대법원 판례를 확인하는 한편, 택지개발촉진법에 따른 택지조성원가는 추정원가로서 사정변경으로 조성원가의 증감이 발행하는 경우에 재산정될 수 있으므로 취득세 과세표준으로 할 수 없다고 판시한 점에서 의의가 있다고 생각됩니다.