1. 사실관계
가. 학교법인 OO학원(이하 ‘OO학원’이라 한다)은 1950년대에 서울 중구 OOO동 58-17 토지(이하 ‘이 사건 1토지’라 한다)를, 1996. 7. 31.에 같은 동 58-14, 15, 16 각 토지를 각각 매매를 원인으로 취득하였다.
나. OO학원은 1997년경부터 이 사건 1토지 및 위 58-14, 15, 16 각 토지 중 일부(이하 ‘이 사건 2토지’라 한다)에서 건물 신축공사를 시작하였고, 2002. 7. 4. 완공된 건물(이하 이 사건 1토지 및 2토지와 함께 ‘OO빌딩’이라 한다)에 관하여 소유권보존등기를 마쳤다.
다. OO학원은 수익용 기본재산인 OO빌딩을 2007. 1. 23. 약 2,603억 원에 매각하였고, 그중 약 1,628억 원을 2007. 1. 25.부터 2007. 10. 8.까지 OO건설 주식회사, 의료법인 OO의료재단에 대여하는 등으로 사용하였다.
라. 피고는 ‘OO학원이 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금을 공익목적사업 외에 사용하였다.’는 이유로 구 ｢상속세 및 증여세법｣(2007. 12. 31. 법률 제8828호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법’이라 한다) 제48조 제2항 제4호(이하 ‘쟁점조항’이라 한다)에 따라 OO학원에 증여세를 부과하기 위하여, OO빌딩 매각대금을 그 취득가액의 원천에 따라 비출연재산분과 출연재산분으로 안분한 후 비출연재산분은 과세대상에서 제외하고, 출연재산분 중 공익목적사업에 사용하지 않은 약 1,249억 원(이하 ‘이 사건 매각대금’이라 한다)의 90%에 해당하는 112,406,496,977원을 이 사건 매각대금과 관련한 증여세 과세가액으로 산정하였다.
마. 피고는 2016. 8. 23. OO학원에, 위 112,406,496,977원과 양주시 토지 등 다른 출연재산에 관한 증여세 과세가액 3,766,466,457원을 합한 116,172,963,434원을 증여세 과세가액으로 하여 산정한 증여세 57,626,481,717원을 부과․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 하고, 그중 이 사건 매각대금에 관한 증여세 56,203,248,488원 부분을 ‘OO빌딩 매각대금 관련 부분’이라 하며, 나머지 증여세 1,423,233,229원 부분을 ‘양주시 토지 등 관련 부분’이라 한다).
바. OO학원은 원심 소송계속 중인 2020. 8. 18. 회생절차개시결정을 받아 원고가 그 관리인으로서 소송절차를 수계하였다.
2. 이 사건의 쟁점
이 사건의 쟁점은 구 상증세법 제48조 제2항 제4호의 ‘출연받은 재산의 매각대금’에 ‘출연받은 당해 재산의 매각대금’ 외에 ‘출연받은 재산으로 취득한 재산의 매각대금’, ‘출연받은 재산의 매각대금으로 취득한 재산의 매각대금’, ‘출연받은 재산의 운용소득으로 취득한 재산의 매각대금’까지 포함되는지 여부이다.
