I. 취지
경정청구로 환급받은 부가가치세는 그 환급세액의 결정일이 속하는 사업연도에 익금에 산입하는 것이며, 환급가산금은 익금에 산입하지 않는 것임
II. 사안의 요지
- 질의 법인은 2009년에 설립된 프로젝트금융투자 회사로 오피스텔과 상업시설 그리고 아파트(국민주택규모 이하)를 공급하는 겸영사업자임
- 질의 법인은 시공사 및 설계사무소로부터 예정아파트(면세) 면적 비율을 근거로 과세공급분(약 50%)에 관하여는 세금계산서를, 면세공급분(약 50%)에 관하여는 계산서를 수취하였으나, 담당자의 착오로 공급가액 비율에 따라 과세사업분(약 30%)과 면세사업분(약 70%)을 안분계산하여 부가가치세를 신고하고, 그 외 관리비 부분에 대한 공통매입세액도 착오계산하여 매입세액 불공제를 과다하게 적용하였음
- 이후 질의 법인은 시공 용역 및 설계 용역의 제공과 관련하여 과세사업에 직접 대응되는 세금계산서 교부분은 전액 매입세액으로 공제하고, 그 외 관리비 부분도 공통매입세액을 적정하게 안분계산하여 2019년 1기부터 2022년 2기까지 부가가치세 경정청구를 하였음
- 관할 세무서장은 위 경정청구에 따라 2024. 11. 27. 질의 법인에게 부가가치세 및 환급가산금의 합산액을 환급하였음
III. 회신의 요지
오피스텔과 상업시설 그리고 아파트(국민주택규모 이하)를 공급하는 과ㆍ면세 겸영사업자가 과ㆍ면세 매입세액 및 공통매입세액의 안분을 착오로 계산하여 부가가치세를 과다납부한 후 경정청구에 의하여 당초 과다납부한 부가가치세 매입세액을 환급받는 경우 해당 환급세액은 그 환급세액의 결정일이 속하는 사업연도의 익금에 산입하는 것이며, 국세기본법 제52조에 따른 국세환급가산금은 법인세법 제18조 제4호에 따라 익금에 산입하지 않는 것임.
IV. Note
법인이 공정거래위원회에서 부과한 과징금을 납부한 후 이를 환급 받으면서 받은 환급가산금은 익금불산입 사항에 해당하지 않는 것이지만(서면인터넷방문상담2팀-276, 2005.02.11.), 국세 또는 지방세의 과오납금의 환급금에 대한 이자, 즉 환급가산금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니합니다(법인세법 제18조 제4호).
한편, 부가가치세법에 의하면, 부가가치세의 납부세액은 매출세액에서 공제 대상 매입세액을 뺀 금액으로 하고(제37조 제2항), 면세사업 등에 관련된 매입세액 등은 공제하지 아니하며(제39조 제1항), 사업자가 과세사업과 면세사업 등을 겸영하는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액의 경우 일정한 기준에 따라 안분하여 계산하게 됩니다(제40조). 그리고 법인세법에 의하면, 공제대상인 매입세액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니하나, 부가가치세가 면제되는 경우 등의 매입세액은 손금에 산입하며(제21조 제1호), 손금에 산입한 금액 중 환입된 금액은 익금에 산입하게 됩니다(법인세법 시행령 제11조 제7호).
이 때 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 하는 것으로(법인세법 제40조 제1항, 법인세법 시행령 제71조 제7항, 법인세법 시행규칙 제36조), 부가가치세 공통매입세액을 착오로 과다납부한 부가가치세 매입세액을 환급받는 경우 해당 환급세액은 그 환급세액의 결정일이 속하는 사업연도의 익금에 산입하는 것이며(사전-2019-법령해석법인-0463[법령해석과-2825]), 부가가치세 대리납부세액을 경정청구로 인하여 환급받는 경우 그 환급세액은 환급결정일이 속하는 사업연도의 익금에 해당하는 것입니다(서면-2022-법인-2585 [법인세과-1864]).
본 건은 부가가치세 면제 대상인 국민주택규모 주택과 그 외의 건물을 공급하는 법인이 부가가치세 면제사업과 과세사업을 겸영하면서 발생한 공통매입세액의 안분계산을 잘못하여 부가가치세를 과다하게 납부하였다가 이후 과다납부한 부가가치세 및 환급가산금을 돌려받자, 그에 대한 법인세 신고가 문제된 사안입니다. 이에 대해 국세청은 환급가산금은 익금에 산입하지 아니하고, 과다납부한 부가가치세 본세는 그 환급결정일이 속하는 사업연도에 익금으로 확정된 것으로 보아 해당 사업연도의 익금에 산입해야 하는 것으로 판단하였습니다. 이는 관련 법인세 법령에 부합하는 해석으로, 특히 경정청구 이후 환급에 이르기까지 적지 않은 시간이 소요됨으로 인해 최초 신고대상 사업연도 이후로부터 5년의 제척기간이 경과한 경우에 더욱 유의해야 할 것입니다.
[관련법령]
법인세법
제15조(익금의 범위)
① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입[이하 “수익”(收益)이라 한다]의 금액으로 한다.
제18조 (평가이익 등의 익금불산입)
다음 각 호의 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다.
4. 국세 또는 지방세의 과오납금(過誤納金)의 환급금에 대한 이자
제21조 (세금과 공과금의 손금불산입)
다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.
1. 각 사업연도에 납부하였거나 납부할 법인세(제18조의4에 따른 익금불산입의 적용 대상이 되는 수입배당금액에 대하여 외국에 납부한 세액과 제57조에 따라 세액공제를 적용하는 경우의 외국법인세액을 포함한다) 또는 법인지방소득세와 각 세법에 규정된 의무 불이행으로 인하여 납부하였거나 납부할 세액(가산세를 포함한다) 및 부가가치세의 매입세액(부가가치세가 면제되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우의 세액은 제외한다)
제40조 (손익의 귀속사업연도)
① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.
② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
법인세법 시행령
제11조 (수익의 범위)
법 제15조 제1항에 따른 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.
(중략)
7. 손금에 산입한 금액 중 환입된 금액
