I. 사실관계 및 쟁점
내국법인인 원고는 미국법인이 보유한 미국 등록 특허권(이하 ‘이 사건 특허권’)에 관하여 사용료(이하 ‘이 사건 사용료’)를 지급하고 지역적 범위를 ‘전 세계’로 하는 라이선스를 받는 내용의 계약 체결(이하 ‘이 사건 계약’).
원고는 이 사건 사용료 지급 시 원천징수분 법인세를 납부하였으나, 위 사용료가 국내에는 등록되지 않은 이른바 ‘국내 미등록 특허권’에 대한 것이어서 한미조세협약상 국내원천소득이 아니라는 종전 대법원 판례를 근거로 위 납부한 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 하였음.
⇒ 쟁점: 한미조세협약상 국내에 등록되지 아니한 특허권에 대한 사용료를 국내원천소득으로 볼 수 있는지 여부
II. 대법원의 판단(다수의견): 30여 년간 유지되었던 종전 대법원 판례를 변경하고, 특허기술이 국내에서 사용되었다면 그 대가는 국내원천소득에 해당된다고 판단
한미조세협약은 구 법인세법 제93조 제8호에서 규정하는 ‘사용지를 기준으로 하여 사용료소득의 국내원천소득 해당 여부를 규정하고 있는 이중과세 방지협약’에 해당한다. 한미조세협약에 따른 ‘사용지’를 확정하려면 먼저 ‘사용’의 의미를 명확히 할 필요가 있다. 그런데 한미조세협약은 ‘사용’의 의미를 별도로 정의하고 있지 않다. 그러므로 한미조세협약 제2조 제2항 전문에 따라 ‘사용’의 의미는 조세가 결정되는 체약국인 우리나라의 법에 따라 해석하여야 한다.
이와 관련하여 구 법인세법 제93조 제8호는 국내 미등록 특허권이 국내 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다고 규정한다. 여기서 ‘사용’은 독점적 효력을 가지는 특허권 자체를 사용하는 것이 아니라 그 특허권의 대상이 되는 제조방법·기술·정보 등(이하 ‘특허기술’)을 사용한다는 의미로 보아야 한다. 따라서 국내 미등록 특허권의 특허기술이 국내에서 사용되었다면 그 대가인 사용료소득은 국내원천소득에 해당한다.
III. 대상판결의 의미 및 향후 과세 이슈
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대법원은 국내 미등록 특허권의 특허기술이 국내에서 사용되었다면 그 대가인 사용료소득은 국내원천소득에 해당한다고 판단하면서 ‘국내 미등록 특허권’에 대한 사용료는 한미조세협약상 국내원천소득이 아니라는 종전 대법원 판례를 변경하였습니다. 따라서 ‘국내 미등록 특허권’에 대한 사용료라는 이유만으로 국내원천소득이 아니라는 주장은 더 이상 받아들여지기 어려워졌습니다.
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그러나 대상판결에도 불구하고, ① 사용료소득 안분 문제와 ② 그에 따른 증명책임의 배분 문제 등 여러 법적 분쟁이 발생할 가능성이 여전히 남아 있는 상황입니다.
⇒ 국내 제조·판매 부분에 안분되는 사용료 소득 판단기준의 불명확성:
대상판결에 따르더라도, 전체 사용료 중 ‘특허기술’이 ‘국내 제조∙판매 등’에 사용된 부분의 대가만이 국내원천소득에 해당하고, 나머지는 국내원천소득에 해당하지 않습니다. 그런데 내국법인이 국내뿐만 아니라 해외에서도 제품을 제조·판매하는 경우, 또는 국내에서 제품을 제조·판매하다가 해외로 제조·판매 장소를 이전하는 경우 등에는 어떠한 기준으로 국내원천소득을 안분할 것인지 명확한 기준이 없습니다. 나아가, 실무상 미국법인이 보유하고 있는 특허 전체에 대하여 일괄적으로 라이선스를 부여받고 그 대가를 지급하는 경우도 많은데, 이러한 경우 어떠한 특허가 어느 지역에서 어떠한 용도로 사용되는지 특정하기도 어렵습니다. 대상판결은 이러한 이슈에 대해서 분명한 기준을 제시하지 못하고 있습니다. 이처럼 국내 제조·판매의 대가로 안분되는 사용료 금액을 어떻게 특정할 것인지 여전히 불명확하여, 향후 첨예한 법적 분쟁이 이루어질 것으로 예상됩니다.
⇒ 증명책임의 문제:
국내 제조∙판매에 안분되는 사용료가 얼마인지에 대한 명확한 기준이 없다면, 결국 과세처분의 적법 여부는 증명책임의 문제로 귀결될 수 있습니다. 이와 관련하여, 법원은 경정거부처분 취소소송에서도 정당한 과세표준 및 세액에 대한 증명책임은 과세관청에게 있고, 그 증명이 없는 경우의 불이익은 과세관청이 부담한다는 입장을 밝힌 바 있습니다(대전고등법원 2022. 10. 20. 선고 2022누10847 판결, 대법원 2023. 3. 8. 선고 2022두63805 판결). 이러한 법원의 입장은 미국법인에게 지급한 국내 미등록 특허권에 대한 사용료가 국내원천소득인지 여부가 문제된 사건에서도 동일하게 확인됩니다(서울고등법원 2021. 1. 29. 선고 2019누37013 판결, 대법원 2021. 6. 24. 선고 2021두35391 판결 등). 이에 비추어 보면, 대상판결에도 불구하고 사용료 소득의 안분에 대한 증명책임과 관련하여 법적 다툼의 여지는 남아있는 상황이라고 할 수 있습니다.
IV. 향후 리스크 및 대응방안
과세관청은 종전 대법원 판례에도 불구하고 한미조세협약상 국내 미등록 특허권의 사용료에 대해서 국내에서 과세하겠다는 일관된 의지를 밝혀왔고, 이에 따라 법인세법도 여러 차례 개정되어 왔습니다. 결국 대상판결을 통하여 대법원은 과세관청과 동일한 입장을 취하게 되었는바, 과세관청은 발빠르게 대상판결에 대한 분석을 거쳐 비정기조사, 기획조사 등에도 나설 수 있을 것으로 예상됩니다.
이러한 과세리스크에 대비하기 위해서는, 라이선스 계약의 지역적 범위가 '전 세계'로 포괄적이거나, 국내에서 기술을 사용하여 제조한 제품을 해외로 판매하는 경우, 전체 사용료 중 국내 사용분에 해당하는 부분을 합리적으로 안분 계산할 필요가 있습니다. 이 과정에서 발생할 수 있는 증명책임에 대비하기 위해 다음의 사항들을 미리 준비하는 것이 필요할 것으로 보입니다.
- 계약서 검토: 기존 및 신규 라이선스 계약서를 재검토하여 라이선스 대상 기술, 지역적 범위, 사용료 산정 근거를 명확히 해야 합니다.
- 안분 기준 마련: 국내외 매출액 비율, 국내외 생산량 비율 등 합리적인 안분 기준을 설정하고, 그 근거 자료를 체계적으로 관리해야 합니다.
- 증빙 자료 확보: 해당 기술의 국내 적용 현황에 대한 내부 기술 보고서, 회의록, 기술 지원 내역 등 사용료의 국내외 사용분을 입증할 수 있는 객관적인 자료를 구비해야 합니다.
한편, 원천징수의무자인 내국법인으로서는 과세위험을 낮추기 위하여 국내 미등록 특허권에 대한 사용료 전부에 대해 원천징수분 법인세를 납부하고, 향후 경정청구를 하는 방안을 고려해 볼 수 있습니다. 이와 관련하여, 대상판결 이후의 과세실무나 법원의 입장 등을 충분히 검토하여 효과적인 권리구제가 이루어질 수 있도록 대비할 필요가 있습니다.



