I. 사실관계 및 쟁점 내국법인인 원고는 미국법인이 보유한 미국 등록 특허권(이하 ‘ 이 사건 특허권 ’)에 관하여 사용료(이하 ‘ 이 사건 사용료 ’)를 지급하고 지역적 범위를 ‘전 세계’로 하는 라이선스를 받는 내용의 계약 체결(이하 ‘ 이 사건 계약 ’). 원고는 이 사건 사용료 지급 시 원천징수분 법인세를 납부하였으나, 위 사용료가 국내에는 등록되지 않은 이른바 ‘국내 미등록 특허권’에 대한 것이어서 한미조세협약상 국내원천소득이 아니라는 종전 대법원 판례를 근거로 위 납부한 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 하였음. ⇒ 쟁점: 한미조세협약상 국내에 등록되지 아니한 특허권에 대한 사용료를 국내원천소득으로 볼 수 있는지 여부 II. 대법원의 판단(다수의견): 30여 년간 유지되었던 종전 대법원 판례를 변경하고, 특허기술이 국내에서 사용되었다면 그 대가는 국내원천소득에 해당된다고 판단 한미조세협약은 구 법인세법 제93조 제8호에서 규정하는 ‘사용지를 기준으로 하여 사용료소득의 국내원천소득 해당 여부를 규정하고 있는 이중과세 방지협약’에 해당한다. 한미조세협약에 따른 ‘사용지’를 확정하려면 먼저 ‘사용’의 의미를 명확히 할 필요가 있다. 그런데 한미조세협약은 ‘사용’의 의미를 별도로 정의하고 있지 않다. 그러므로 한미조세협약 제2조 제2항 전문에 따라 ‘사용’의 의미는 조세가 결정되는 체약국인 우리나라의 법에 따라 해석하여야 한다. 이와 관련하여 구 법인세법 제93조 제8호는 국내 미등록 특허권이 국내 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다고 규정한다. 여기서 ‘사용’은 독점적 효력을 가지는 특허권 자체를 사용하는 것이 아니라 그 특허권의 대상이 되는 제조방법·기술·정보 등(이하 ‘ 특허기술 ’)을 사용한다는 의미로 보아야 한다. 따라서 국내 미등록 특허권의 특허기술이 국내에서 사용되었다면 그 대가인 사용료소득은 국내원천소득에 해당한다. III. 대상판결의 의미 및 향후 과세 이슈 1. 대법원은 국내 미등록 특허권의 특허기술이 국내에서 사용되었다면 그 대가인 사용료소득은 국내원천소득에 해당한다고 판단하면서 ‘국내 미등록 특허권’에 대한 사용료는 한미조세협약상 국내원천소득이 아니라는 종전 대법원 판례를 변경하였습니다. 따라서 ‘국내 미등록 특허권’에 대한 사용료라는 이유만으로 국내원천소득이 아니라는 주장은 더 이상 받아들여지기 어려워졌습니다. 2. 그러나 대상판결에도 불구하고, ① 사용료소득 안분 문제와 ② 그에 따른 증명책임의 배분 문제 등 여러 법적 분쟁이 발생할 가능성이 여전히 남아 있는 상황입니다. ⇒ 국내 제조·판매 부분에 안분되는 사용료 소득 판단기준의 불명확성: 대상판결에 따르더라도, 전체 사용료 중 ‘특허기술’이 ‘국내 제조∙판매 등’에 사용된 부분의 대가만이 국내원천소득에 해당하고, 나머지는 국내원천소득에 해당하지 않습니다. 그런데 내국법인이 국내뿐만 아니라 해외에서도 제품을 제조·판매하는 경우, 또는 국내에서 제품을 제조·판매하다가 해외로 제조·판매 장소를 이전하는 경우 등
