1. 사실관계
가. 원고는 2011. 6.경 미국법인인 ‘△△△ 엘엘씨’(이하 ‘소외 회사’라 한다)로부터 미국에서 특허침해소송을 제기당하였다. 원고는 2013. 12. 23. 소외 회사와 미국에 등록된 40개의 특허권(이하 ‘이 사건 특허권’이라 한다)에 관하여 사용료를 지급하는 조건으로 소송을 종료하고 지역적 범위를 ‘전 세계’로 하는 라이선스를 받는 내용으로 특허권 라이선스 및 화해 계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하였다.
나. 원고는 2014 사업연도에 소외 회사에 미화 160만 달러(이하 ‘이 사건 사용료’라 한다)를 지급하고, 피고에게 그에 따른 원천징수분 법인세를 납부하였다.
다. 원고는 이 사건 사용료가 ‘국외에 등록되었으나 국내에 등록되지 아니한 특허권’(이하 ‘국내 미등록 특허권’이라 한다)에 대한 사용대가로서 원천징수대상이 되는 국내원천소득이 아니라는 이유로, 2015. 6. 9. 피고에게 원천징수분 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 피고는 2019. 2. 25. 원고의 경정청구를 거부하였다.
