정부는 2025년 7월 31일 “2025년 세제개편안”을 발표하면서 R&D 및 시설투자 세액공제 확대, 벤처투자 지원 정비, 통합고용세액공제 개편 등 기업 경쟁력 제고를 위한 세제지원 법령개정 추진을 발표했고, 이를 반영한 조세특례제한법 등 법률 개정은 2025년 12월 공포되었으며, 후속 시행령 개정안은 2026.1.19. 입법예고되었습니다.
금번 시행령 개정안은 미래 첨단산업의 투자 실효성을 제고하기 위하여 R&D 비용 및 연구개발시설 공제 요건을 기업 현장 실무에 맞춰 정비하는 데 중점을 두고 있습니다. 특히 국가전략기술 및 신성장·원천기술의 범위를 확대하여 첨단산업 분야 R&D 세액공제 적용 대상을 넓히는 한편, 인공지능(AI) 고도화에 필수적인 학습용 데이터 구매비를 공제대상 비용에 포함하고, 연구개발시설을 사업화 과정에 활용하더라도 기존 공제율을 적용할 수 있도록 제도 정비를 하였습니다. 다만 연구시설의 경우 연구목적 사용비율이 50%에 미달할 경우 공제세액이 추징될 수 있는 사후관리 요건이 존재하는 만큼, 공제 신청 단계부터 실제 운영 과정까지 면밀한 관리가 필요할 것으로 보입니다. 그 외 개정사항으로는 사업 분리시 창업중소기업 세액감면 적용 요건 강화, 통합고용세액공제 개편 등이 있습니다.
법무법인(유한) 태평양은 조특(법인) 분야 세제개편 주요내용을 아래와 같이 요약∙ 정리하여 기업 고객 및 담당자분들에게 안내 드리오니, 문의사항이나 도움이 필요하신 사항이 있은 경우 언제든지 연락주시면 감사하겠습니다.
I. 2025년 조세특례(법인) 분야 세제개편 주요내용(후속 시행령 개정안 포함)
1. R&D 세액공제 국가전략기술 및 신성장∙원천기술 범위 확대
• 조세특례제한법 시행령 개정을 통한 반도체 분야 등 세부 기술 신설∙확대 (조특령 별표7의2)
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- 입법예고된 후속 시행령 개정안에서는 아래와 같이 초혁신경제 선도 프로젝트 등 미래 첨단산업을 지원하기 위해 반도체 분야 등 세부기술을 신설∙확대하고 있습니다. 현행 조세특례제한법 시행령은 8개 분야 78개 기술을 포함하고 있으나, 개정안은 8개 분야 81개 기술을 포함하며, 2026. 1. 1. 이후 발생하는 비용분부터 적용됩니다.
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| 분야 | 세부기술 |
|---|---|
| 반도체 | (신설) 차세대 MCM(Multi-Chip Module) 관련 신소재∙부품 개발 기술 |
| (확대) 에너지효율향상 반도체 설계∙제조 → 패키징 기술까지 확대 (※ 초혁신경제 선도프로젝트, 차세대전력 반도체) | |
| 미래형 운송∙이동 | (신설) 환경친화적 첨단 선박의 운송∙추진 기술 (※ 초혁신경제 선도프로젝트, LNG 화물창) |
| (신설) 환경친화적 첨단 선박의 디지털 설계∙생산운영 기술 | |
| 수소 | (확대) 탄소포집 청정수소 생산 → 청록수소 기술 포함 |
• 조세특례제한법 시행령 개정을 통한 탄소중립 분야 등 세부기술 신설∙확대 (조특령 별표7)
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- 입법예고된 후속 시행령 개정안에서는 아래와 같이 철강∙석유화학 등 주력산업을 지원하기 위해 탄소중립 분야 등 세부기술을 신설∙확대하고 있습니다. 현행 조세특례제한법 시행령은 14개 분야 273개 기술을 포함하고 있으나, 개정안은 14개 분야 284개 기술을 포함하며, 2026. 1. 1. 이후 발생하는 비용분부터 적용됩니다.
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| 분야 | 주요 세부기술 |
|---|---|
| 탄소중립(4개) | 고로 용선 및 전기로 용강 합탕기술, 친환경 냉매 개발 기술 등 |
| 첨단소부장(4개) | 고규소 함량 저철손 전기강판 제조기술(※ 초혁신경제 선도프로젝트, 특수탄소강), 기능화 그래핀 기반 차세대 전자소자∙에너지시스템용 복합소재 제조∙공정기술(※ 초혁신경제 선도프로젝트, 그래핀) 등 |
| 바이오∙헬스(1개) | 동물용의약품 후보물질 생산기술 |
| 에너지∙환경(1개) | 이차전지 제조 공정 염폐수 재활용 기술 |
| 융복합 소재(1개) | 고융점 금속 기반 4N급 염화물 또는 불화물 전환 기술 |
2. R&D비용 세액공제가 적용되는 비용의 범위 확대 (조특령 제9조 제3항, 제9조 제7항, 별표6)
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- 입법예고된 후속 시행령 개정안에서는 인공지능 분야 연구개발 지원을 위해 ‘인공지능 학습용데이터 구매비’에 대해 R&D 비용 세액공제를 적용하도록 하고 있습니다. 인공지능 학습용데이터 구매비는 2026. 1. 1. 이후 발생하는 비용분부터 적용됩니다.
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| 현 행 | 개정안 |
|---|---|
| ① 위탁∙공동 연구개발비 ② 재료비 ③ 인건비 ④ 소프트웨어 대여∙구입비 ⑤ R&D용 시설 임차료 ⑥ 기술정보비, 기술지도비 ⑦ 디자인 개발지도비 ⑧ 특허 조사∙분석비 ⑨ 클라우드 이용료 | ①~⑧ 동일 ⑨ 클라우드 이용료 (연구개발 전담부서 사용목적으로 한정) ⑩ AI 학습용데이터 구매비 (연구개발 전담부서 사용목적으로 한정) |
3. 국가전략기술 등 연구개발시설 세액공제 적용방법 합리화 (조특령 제21조 제4항, 제10항, 제16항)
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- 입법예고된 후속 시행령 개정안에서는 국가전략기술∙신성장 등 연구개발시설의 정의에 ‘사업화를 위해 한시적으로 활용되는 시설’을 추가하였으며, 사후관리 시 해당 시설의 총 사용 시간에서 한시적 사업 활용 시간을 연구개발업무 시간에 산입하도록 개선하였습니다.
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4. 의의 및 실무상 고려할 사항
금번 세제개편은 2025년 개정세법에서 신설된 제도들의 구체적 적용기준을 마련하는 한편, 2026년 경제성장전략에 따른 첨단산업 지원 정책을 세제 측면에서 뒷받침하는 내용을 폭넓게 담고 있습니다. 특히 국가전략기술 및 신성장·원천기술 분야의 연구개발비 공제대상이 확대되고, 인공지능 학습용 데이터 비용 등 새로운 항목이 명확히 반영됨에 따라 첨단산업 기업의 세제지원 활용 가능성이 확대될 것으로 예상됩니다. 또한 연구개발시설이 사업화 과정에서 제한적으로 활용되는 경우에도 공제 적용이 가능하도록 제도가 보완되는 등 현장 적용성을 높이려는 취지도 확인됩니다.
다만 공제 적용 여부는 기술요건, 비용 귀속 및 사후관리 기준 등에 따라 달라질 수 있고, 연구시설 사용비율 미충족 시 추징 가능성도 존재하는 만큼 기업별로 세제효과를 사전에 점검하고 필요한 경우 전문적 검토를 거쳐 대응전략을 마련할 필요가 있습니다.
특히, 국가전력기술 및 신성장원천기술에 대한 세액공제를 잘못 적용하여 과다하게 공제받았다가 추후 세무조사 등을 통해 국세청에서 지적하는 경우 거액의 가산세 부과 위험이 있으며, 반대로 높은 공제율로 세액공제를 받을 수 있음에도 불구하고 조세특례제한법 상 기술분야에 대한 불명확한 규정 등으로 인해 해당 세액공제를 적용받지 못하고 있는 기업 또한 있을 수 있습니다.
이에 조세특례제한법에서는 기업이 사전에 산업통상자원부 산하의 KIAT(한국산업기술진흥원, Korea Institute for Advancement of Technology)로부터 해당 기술이 신성장 기술 등에 해당한다는 것을 인증받고 국세청으로부터 세액공제액이 정당하다는 것을 인증받을 수 있는 사전심의제도를 두고 있으며, 당해 사전심의를 통과한 경우 추후 세무조사에 따른 추징 위험을 제거할 수 있도록 규정하고 있습니다. 다만, 기업 자체적으로 사전심의제도를 통해 안전하게 세액공제를 적용받기에는 여전히 어려움이 많아 조세법률 전문가의 조력이 필요할 수도 있습니다.
5. 법무법인(유한) 태평양 조세그룹의 경정청구 TFT 및 유권해석법령개정 TFT 소개
법무법인(유한) 태평양 조세그룹은 다양한 조세분쟁 해결 경험과 깊이 있는 법률 지식을 겸비한 조세전문 변호사, 회계사, 세무사 및 기획재정부·국세청 등 정부에서 풍부한 실무경험을 쌓은 전문가로 구성되어 있으며, 이러한 역량을 바탕으로 기업의 다양한 조세문제를 해결해 왔습니다.
특히, 경정청구 TF를 통해 기존에 불합리하게 납부한 세금을 환급 받을 수 있도록 다양한 조세 이슈를 연구·개발하고 있으며 국가전략기술 및 신성장·원천기술 등의 세액공제와 관련하여 기업들이 KIAT와 국세청의 사전심의를 통과하도록 지원하고 최종적으로 세액공제효과를 극대화할 수 있도록 ‘신성장 세액공제 컨설팅 서비스’를 제공하고 있습니다.
또한, 유권해석·법령개정 TF는 우수한 대한민국 조세전문 변호사·회계사를 중심으로 설득력있는 법 논리 개발과 함께 정부 출신 전문가의 네크워크를 기반으로 기업이 필요로 하는 세법해석 회신 및 법령개정을 달성할 수 있도록 최선의 방법으로 조세 서비스를 제공하고 있습니다. 유권해석·법령개정 TF의 세법해석 및 법령개정을 통해 실무적으로 분쟁이 많은 조세 이슈에 대한 기업의 세무 리스크를 사전에 방지할 수 있으며 경정청구, 조세불복(심판청구 및 행정소송 등)에 있어 기업이 필요로 하는 세법해석 회신을 통해 기업의 권익을 보호할 수 있도록 최상의 조세 서비스를 제공하고 있습니다.
