국세청은 2026년 4월 2일 한국경제인협회 초청 간담회에서 개청 60주년인 올해를 세무조사 '대전환의 원년'으로 공식 선포하고, 세무조사 운영방식을 근본적으로 혁신하기 위한 방안을 발표하였습니다.
이번 발표는 단발적 조치가 아니라 일련의 제도 개편 흐름의 연장선에 있습니다. 국세청은 2025년 하반기의 현장 상주조사 최소화를 시작으로, 외국계 기업 세무조사 유예, 정기 세무조사 시기선택제 전면 도입, 중점검증항목 사전 공개에 이르기까지 조사 방식 전반에 걸친 변화를 연속적으로 추진하고 있습니다. 이러한 조치들은 납세자 친화적 조사 환경 조성이라는 공통된 방향성을 가지는 한편, 악의적·지능적 탈세에 대한 조사 역량은 오히려 집중·고도화하겠다는 점에서 양면적 성격을 띠고 있습니다.
연간 세무조사 규모는 2023년 1만 3,973건, 2024년 1만 3,980건, 2025년 1만 4,000건 내외 등 최근 추세와 동일하게 올해도 1만 4,000건 내외를 유지하되, 대내외 경제 여건과 인력 상황, 조사 필요성 등을 고려하여 유연하게 운영한다는 방침입니다.
법무법인(유한) 태평양은 국세청의 세무조사 제도개선 동향에 대해 아래와 같이 요약∙정리하여 안내 드리오니, 문의사항이나 도움이 필요하신 사항이 있은 경우 언제든지 연락주시면 감사하겠습니다.
I. 정기 세무조사 시기선택제
1. 제도 개요
2026년 4월부터 정기 세무조사 대상자는 국세청으로부터 시기선택제 안내문을 받고 3개월 범위 내에서 월 단위로 조사 착수 시기를 직접 선택할 수 있게 되었습니다. 희망 시기는 1·2순위로 구분하여 신청하며, 실제 조사 착수 20일 전에는 정식 사전통지가 별도로 발송됩니다.
[국세청 2026.04.02. 보도자료, 세무조사 시기선택제 단계별 흐름]
2. 실무적 영향
세무조사 시기선택제의 도입으로 납세자는 결산·주주총회 등 경영상 민감한 시기를 피해 조사 일정을 조율할 수 있게 되었으며, 이는 조사 대응 방식의 전환을 의미합니다. 종전에는 국세청이 일방적으로 지정한 시기에 즉각적으로 대응해야 했던 구조였다면, 이제는 조사 착수 전까지 일정한 준비 기간을 확보할 수 있게 됨에 따라 세무조사 대응이 사후 해명 중심에서 사전 준비 중심으로 이동할 것으로 생각됩니다.
조사 착수 전 일정한 준비 기간이 제도적으로 보장됨에 따라, 특수관계자 거래 검토, 세액공제 적용의 적정성 확인, 적격 지출 증빙 점검 등 사전적 세무 리스크 관리의 중요성이 한층 높아질 것으로 전망됩니다. 이에 각 법인 및 개인사업자는 세무조사 사전진단을 통해 사업장의 잠재적 문제점과 주요 현안을 미리 점검하는 방안을 고려할 수 있습니다. 다만, 사전진단 보고서는 주요 쟁점항목에 대한 확인이 이루어진 문서라는 특성상 세무조사에서 과세 근거자료로 활용될 위험이 존재합니다. 이러한 리스크에 대응하기 위해서는 「변호사-의뢰인 간 비밀유지권(Attorney-Client Privilege)」 제도를 활용하여 해당 보고서를 자료 제출 의무로부터 법적으로 보호받는 방안을 사전에 강구할 필요가 있으며, 이를 위해 법무법인 자문[또는 법무법인·회계(세무)법인 간 협업 자문]을 검토할 필요성이 있습니다.
II. 현장 상주조사 최소화
1. 제도 개요
60년간 이어져 온 현장 상주 방식의 세무조사가 2025년을 기점으로 공식적으로 예외적 수단으로 전환되었습니다. ERP 등 전산장부·증빙이 보편화되고, 세무행정도 발전함에 따라 기업에 상주하지 않고도 조사를 할 수 있는 여건이 조성되었다는 판단이 반영된 결과입니다. 앞으로 기업에 상주하는 현장 조사는 영업상 비밀 유출 우려, 조사관서 방문 부담 등으로 납세자 입장에서 오히려 현장 상주조사 방식으로 진행하는 것이 편리한 경우 및 납세자의 자료 미(지연)제출 등 예외적 사유가 인정되는 경우에 한하여 제한적으로 시행되며, 국세청 관서 내 사무실 조사가 정기조사의 표준적 형태로 자리잡게 될 것으로 예상됩니다.
2. 실무적 영향
현장 상주조사의 축소는 표면적으로는 조사팀의 장기간 상주로 인해 발생할 수 있는 업무 위축과 심리적 부담을 완화하는 긍정적인 변화로 평가될 수 있습니다. 다만 이러한 변화의 이면에는 국세청의 데이터 분석 역량이 상당한 수준으로 발전했음을 시사하는 측면도 존재합니다. 고도화된 분석 체계는 장기간 축적된 데이터를 활용한 탈루 유형 분석과 다양한 외부 과세정보의 확인을 가능하게 하며, 이에 따라 거래의 적절성, 법인 지출의 업무 관련성, 증빙자료와 실제 거래 내용 간의 일치 여부 등에 대한 검증이 과거보다 훨씬 정교하고 폭넓게 이루어질 수 있습니다. 또한 과거에는 현장에서의 구두 소명을 통해 일정 부분 보완이 가능했던 사안들 역시 향후에는 체계적으로 정리된 문서와 데이터에 의해 입증되어야 하는 방향으로 변화할 가능성이 높아, 납세자의 대응 부담이 오히려 확대될 수도 있을 것으로 예상됩니다.
III. 중점검증항목 사전 공개
1. 제도 개요
국세청은 2026년 4월, 세무조사 현장에서 반복적으로 과세 처분이 이루어져 온 핵심 유형 10개를 '중점검증항목'으로 선정하여 처음으로 공개하였습니다. 해당 항목들은 최근 세무조사 실적을 분석하여 추출한 것으로, 유형별 유의사항·실제 과세사례·Q&A를 포함한 자료가 국세청 홈페이지 및 세무조사 가이드북을 통해 제공됩니다
[국세청 2026.04.02. 보도자료, 중점검증항목 유형 10개]
| 세 목 | 중점검증항목 |
|---|---|
| 법인세(소득세) | 법인(사업용) 신용카드 사적 사용 |
| 법인세(소득세) | 대표자 등 개인계좌를 통한 매출신고 누락 |
| 법인세(소득세) | 정당한 사유없이 매출채권 등 임의포기 |
| 법인세(소득세) | 근로 사실이 없는 가공인건비 계상 |
| 법인세(소득세) | 연구·인력개발비 부당세액공제 |
| 법인세(소득세) | 가지급금 등의 인정이자 계산 누락 |
| 법인세(소득세) | 자산화 요건 충족한 비용을 당기 비용처리 |
| 부가가치세 | 사실과 다른 세금계산서 수수 |
| 부가가치세 | 부가가치세 과·면세 구분 오류 |
| 부가가치세 | 개인적공급 등에 대한 부가가치세 신고 누락 |
2. 실무적 영향
중점검증항목의 사전 공개는 납세자에게 사전 자가 점검의 기회를 제공한다는 점에서 긍정적인 측면이 있습니다. 다만 해당 사항들이 사실상 ‘검증항목’으로 제시되었다는 점에서 그 의미는 결코 가볍지 않습니다. 국세청이 반복적으로 문제되는 과세 유형을 명시적으로 공표한 이상, 세무조사 과정에서 이에 대한 검증은 이전보다 더욱 체계적이고 집중적으로 이루어질 것으로 보입니다. 따라서 납세자도 법인세·소득세 및 부가가치세 신고 이전에 해당 검증 항목에 대한 내부 점검 절차를 정례화하고, 관련 증빙과 업무 기록을 항목별로 체계적으로 정리·관리할 필요가 있습니다.
IV. 국내투자 확대 외국계 기업 정기 세무조사 유예
1. 제도 개요
국세청은 2025년 12월부터 국내 투자를 확대하는 외국계 기업을 대상으로 정기 세무조사를 최대 2년간 유예하겠다고 발표하였습니다. 적용 대상은 외국인투자촉진법 시행령에 따라 외국인이 투자하여 설립한 법인으로서, 세무조사 사전통지일이 속하는 사업연도에 전년 대비 투자액을 중소기업의 경우 10% 이상, 중견기업의 경우 20% 이상 늘릴 계획이 있는 기업입니다. 세무조사 사전통지서 수령 후 신청하면 최대 2년간 정기 세무조사가 유예되며, 유예 범위를 기존 중소기업에서 중견기업으로까지 확대한 것도 이번 조치의 특징입니다.
2. 실무적 영향
외국계 기업 정기 세무조사 유예 제도는 국내 투자 확대를 조건으로 한 세정 인센티브로서, 국내 투자 계획이 있는 기업이라면 적극적인 활용을 검토할 필요가 있습니다. 동 제도는 세무조사 사전통지서 수령 후 신청하는 구조임을 감안할 때, 통지서 수령 시점에 해당 사업연도의 투자 확대 계획 요건 충족 여부를 즉시 검토할 수 있도록 관련 요건 검토 및 증빙 자료를 평소부터 준비해 두는 것이 필요해 보입니다.
V. 상생 성장을 위한 정기 세무조사 유예 3종 패키지(최대 2년)
1. 물가안정 소상공인 조사유예제도 신설
고환율·고물가 상황에서 가격 안정에 기여하는 소상공인에 대한 세정 지원 정책도 새롭게 도입되었습니다. 행정안전부 등 관계기관의 심사를 통해 지정되는 ‘착한가격업소’가 그 대상으로, 민생 안정에 기여하는 소상공인의 세무 부담을 완화하려는 정책적 취지가 반영되었습니다. 이에 따라 착한가격업소로 지정된 사업자는 세무조사 리스크 완화 효과를 기대할 수 있을 것으로 보입니다.
2. 수출 중소기업 조사유예제도 연장
글로벌 통상환경의 재편 속에 수출 경쟁력을 보유한 중소기업에 대한 세정 지원도 유지됩니다. 매출액 대비 수출 비중이 30% 이상이거나 50억원 이상의 수출 실적을 보유한 중소기업을 대상으로 적용되던 ‘수출 우수 중소기업 조사유예’ 제도의 일몰기한이 1년 연장되었습니다. 이는 대외 경제 환경의 변동성이 지속되는 가운데 수출기업의 경영 부담을 완화하고 수출 활력을 유지하려는 정책적 고려가 반영된 조치로 볼 수 있습니다.
3. 스타트업 기업 조사유예 적용대상 확대
기존에는 사업 개시 후 5년 이내의 스타트업에 한해 적용되던 ‘스타트업 기업 조사유예’ 제도의 적용 대상이 사업 개시 후 10년 이내 기업까지 확대됩니다. 이는 창업 초기 기업이 안정적인 성장 기반을 마련할 수 있도록 세무조사 부담을 완화하려는 취지로, 창업 생태계 활성화를 지원하기 위한 정책적 방향이 반영된 것으로 평가됩니다.
