[예규] 출연재산을 공익법인의 증여세 납부를 위한 차입금 상환에 사용한 경우 공익목적 사용으로 볼 수 있는지 여부(서면-2026-법인-1234, 2026. 5. 13.)

I. 취지

공익법인이 출연받은 재산을 상속세 및 증여세법 제48조 제1항 및 제9항에 따른 증여세 납부를 위한 차입금 상환에 사용하는 경우, 해당 차입금 상환액은 상속세 및 증여세법 제48조 제2항 제1호의 사후관리 대상에서 제외되어 증여세가 과세되지 않음.

II. 사실관계 및 질의의 요지

(사실관계)

• 질의법인은 ○○ 의료·제약산업의 발전을 위한 학술연구 지원 및 장학사업 등을 목적으로 설립된 공익법인임.
• 질의법인은 2017년 특수관계인 이사가 1/5을 초과하여 성실공익법인 요건을 충족하지 못하였고, 이에 질의법인이 5% 초과 보유한 주식에 대한 증여세 및 총재산가액 대비 계열법인 주식 50% 초과 보유 주식에 대한 가산세를 부과받음.
• 질의법인은 위 증여세 납부를 위하여 차입금(이자 포함)을 ○○ 등으로부터 차입하였으나, 이자비용의 증가로 공익목적 수행에 어려움이 있어 설립자와 ○○그룹으로부터 차입금 상환을 위한 추가 기부금을 받고자 함.

(질의의 요지)

출연받은 재산을 증여세 납부를 위한 차입금 상환에 사용하는 경우, 해당 차입금 상환액이 공익목적 외 사용으로 보아 증여세가 부과되는지 여부.

III. 회신 요지

공익법인이 출연받은 재산으로 상속세 및 증여세법 제48조 제1항 및 제9항에 따른 증여세 납부를 위한 차입금 상환에 사용하는 경우, 해당 차입금 상환액은 상속세 및 증여세법 제48조 제2항 제1호의 사후관리 대상에서 제외되어 증여세가 과세되지 않음. 즉, 증여세 납부를 위하여 부담한 차입금을 출연재산으로 상환하는 금액은 직접 공익목적사업 외 사용에 따른 사후관리 과세 대상에서 제외된다는 것임.

IV. NOTE

본 사안은 공익법인이 이미 부과받은 증여세를 납부하기 위하여 차입한 금액을, 이후 출연받은 재산으로 상환하는 경우 그 상환액을 ‘직접 공익목적사업 외 사용’으로 보아 사후관리 과세를 할 수 있는지가 문제된 사례입니다. 국세청은 그 차입금이 상속세 및 증여세법 제48조 제1항 및 제9항에 따른 증여세 납부를 목적으로 발생한 경우에는, 출연재산을 그 차입금 상환에 사용하는 금액을 같은 법 제48조 제2항 제1호의 사후관리 대상에서 제외한다고 보았습니다.

상속세 및 증여세법 제48조 제2항 제1호는 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등의 용도 외에 사용하거나 3년 이내 또는 그 이후 계속하여 직접 공익목적사업 등에 사용하지 않는 경우 증여세를 부과하도록 정하고 있습니다. 다만 본 회신은 공익법인 주식 보유 한도 초과 등에 따라 발생한 증여세 납부 채무를 이행하기 위해 조달한 차입금을 상환하는 지출을 일반적인 고유목적사업 외 사용과 달리 취급한 것으로 이해됩니다.

다만, 출연재산의 사용처가 차입금 상환인 경우에도 그 차입금의 발생 원인과 사용 목적에 따라 직접 공익목적사업 등의 용도 외에 사용한 것으로 볼 여지가 있습니다. 따라서 실무상으로는 차입금 발생원인이 상속세 및 증여세법 제48조 제1항 및 제9항에 따른 증여세 납부를 위한 것이라는 점, 출연재산이 그 차입금 상환에 실제 사용되었다는 점을 증빙할 수 있도록 차입·납부·상환 관련 자료를 관리할 필요가 있습니다.

[관련 법령]

○ 상속세 및 증여세법(2016. 12. 20. 법률 제14388호로 개정되기 전의 것)

제48조(공익법인 등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입 등)

① 공익법인 등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다. 다만, 공익법인 등이 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 “주식 등”이라 한다)을 출연받은 경우로서 출연받은 주식 등과 다음 각 호의 주식 등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(자기주식과 자기출자지분은 제외한다. 이하 이 조에서 “발행주식총수 등”이라 한다)의 100분의 5(성실공익법인 등에 해당하는 경우에는 100분의 10)를 초과하는 경우(제16조 제3항 각 호에 해당하는 경우는 제외한다)에는 그 초과하는 가액을 증여세 과세가액에 산입한다.

1. 출연자가 출연할 당시 해당 공익법인 등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식 등

2. 출연자 및 그의 특수관계인이 해당 공익법인 등 외의 다른 공익법인 등에 출연한 동일한 내국법인의 주식 등

3. 출연자 및 그의 특수관계인으로부터 재산을 출연받은 다른 공익법인 등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식 등

○ 상속세 및 증여세법

제48조(공익법인 등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입 등)

① 세무서장 등은 제1항 및 제16조 제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인 등이 다음 제1호부터 제4호까지 및 제6호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인 등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호에 해당하는 경우에는 제78조 제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다.

1. 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)의 용도 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하거나 3년 이후 직접 공익목적사업 등에 계속하여 사용하지 아니하는 경우. 다만, 직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항에 따른 보고서를 제출할 때 납세지 관할세무서장에게 그 사실을 보고하고, 그 사유가 없어진 날부터 1년 이내에 해당 재산을 직접 공익목적사업 등에 사용하는 경우는 제외한다.

○ 상속세 및 증여세법 시행령

제38조(공익법인 등이 출연받은 재산의 사후관리)

① 법 제48조 제2항 제1호·제7호 및 같은 조 제11항 제1호에서 직접 공익목적사업에 사용하는 것은 공익법인 등의 정관상 고유목적사업에 사용(다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다)하는 것으로 한다. 다만, 법 제48조 제2항 제1호에 따른 출연받은 재산(이하 이 조에서 “출연받은 재산”으로 한다)을 해당 직접 공익목적사업에 효율적으로 사용하기 위하여 주무관청의 허가를 받아 다른 공익법인 등에게 출연하는 것을 포함한다.

1. 「법인세법 시행령」 제56조 제11항에 따라 고유목적에 지출한 것으로 보지 아니하는 금액

2. 해당 공익법인 등의 정관상 고유목적사업에 직접 사용하는 시설에 소요되는 수선비, 전기료 및 전화사용료 등의 관리비를 제외한 관리비

저자: 이동훈 변호사