I. 취지
과세관청이 결손금 감액경정을 하면서 법인세법에서 정한 통지 등 절차를 준수하지 않은 경우에 납세의무자는 이후 사업연도의 법인세 부과처분에 대한 불복절차에서 선행하는 결손금 감액경정의 위법성을 다툴 수 있음.
II. 사안의 개요
원고는 2008~2011 사업연도에 결손금이, 2012 사업연도에 소득금액이 발생하였다고 신고하였다.
피고는 2010 사업연도의 결손금을 감액경정하고, 2012 사업연도에는 결손금이 발생한 것으로 경정하여, 이를 원고의 2014 사업연도에 이월결손금으로 공제하여 2015. 10. 15. 원고에게 2014 사업연도를 법인세를 부과하였다가 2016. 7. 15. 그 일부를 감액하였다.
III. 판결의 요지
1. 2008, 2012 사업연도 추가결손금
개정 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정된 것)은 제13조 제1호 후문(이하 ‘이 사건 후문조항)으로 “이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나, 국세기본법 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금에 한정한다.”라는 규정을 신설하였다. 이는 원칙적으로 공제가 가능한 이월결손금의 범위를 신고·경정 등으로 확정된 결손금으로 축소하여 법적 안정성을 도모하기 위한 데 그 입법취지가 있다(대법원 2020. 7. 9. 선고 2017두63788 판결 참조). 개정 법인세법 시행 이후에는 위 후문조항에서 정한 ‘제60조에 따라 신고하거나(국세기본법 제45조에 따라 수정신고한 경우를 포함한다) 제66조에 따라 결정·경정된 과세표준에 포함된 결손금’에 해당하여야 그 이후 사업연도 법인세 과세표준을 계산할 때 이를 이월결손금으로 공제할 수 있다고 봄이 상당하고, 그 문언과 달리 ‘과세관청이 실제로 결정·경정하지는 않았으나, 납세의무자가 적법한 경정청구를 하였을 경우에 과세관청이 경정하여야 하는 결손금’까지 이 사건 후문조항에서 정한 결손금에 해당한다고 볼 수는 없다.
원고가 주장하는 2008, 2012 사업연도 추가결손금은 ‘신고하거나 결정·경정된 과세표준에 포함된 결손금’이 아니어서 이 사건 후문조항에서 정한 결손금에 해당하지 않으므로, 그 이후인 2014 사업연도 법인세 과세표준을 계산할 때 이월결손금으로
2. 2010 사업연도 결손금
개정 법인세법이 시행된 2010. 1. 1. 이후 최초로 신고한 과세표준에 포함된 해당 사업연도에서 발생한 결손금 등에 대하여 과세관청의 결손금 감액경정이 있는 경우, 특별한 사정이 없는 한 납세의무자로서는 결손금 감액경정 통지가 이루어진 단계에서 그 적법성을 다투지 않는 이상 이후 사업연도 법인세의 이월결손금 공제와 관련하여 종전의 결손금 감액경정이 잘못되었다거나 과세관청이 경정한 결손금 외에 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 주장을 할 수 없다(위 대법원 2017두63788 판결).
그러나 과세관청이 결손금 감액경정을 하면서 법인세법에서 정한 통지 등 절차를 준수하지 않아 납세의무자에게 방어권행사 및 불복의 기회가 보장되지 않은 경우에는 납세의무자가 결손금 감액경정에 대하여 다투지 않았다고 하더라도 이후 사업연도의 법인세 부과처분에 대한 불복절차에서 선행하는 결손금 감액경정의 위법성을 다툴 수 있다.
그런데도 원심은, 피고가 2010 사업연도 결손금 감액경정을 하면서 법인세법에 따른 통지 등 절차를 준수하였는지 여부에 관하여 아무런 심리를 하지 않은 채 2010 사업연도 결손금 감액경정의 위법성을 다툴 수 없다고 판단한 잘못이 있다.
IV. note
대상 판결은 2010년 법인세법 개정 이후에 원칙적으로 공제가 가능한 이월결손금의 범위를 신고·경정 등으로 확정된 결손금으로 축소하면서, 당초 신고하거나 결정·경정된 과세표준에 포함된 결손금’이 아니라 추가로 주장하는 결손금은 이월결손금에 포함되지 않는다는 위 대법원 2017두63788 판결의 취지를 다시 확인하는 한편, 과세관청이 결손금 감액경정을 하면서 법인세법에서 정한 통지 등 절차를 준수하지 않아 납세의무자에게 방어권 행사 및 불복의 기회가 보장되지 않은 경우에는 납세의무자가 당초 결손금 감액경정에 대하여 다투지 않았다고 하더라도 이후 사업연도의 법인세 부과처분에 대한 불복절차에서 선행하는 결손금 감액경정의 위법성을 다툴 수 있다고 판시한 점에서 의의가 있습니다.
