I. 취지 주식양도인이 주식양수인에게 주식매매계약서에 따른 진술 및 보증 위반에 따른 손해배상금을 지급하였고 주식매매계약서상 그 손해배상금은 매매대금에서 차감하는 것으로 정하고 있다면, 주식양도인이 주식양수인에게 지급한 손해배상금은 매매대금의 조정에 해당함. II. 사안의 개요 청구인은 주식양수법인에게 특정 법인의 발행주식을 양도하고 양도소득세를 신고·납부하였으나 이후 주식매매계약서상 진술 및 보장 조항을 위반하여 주식양수법인에게 손해배상금을 지급함. 이에 청구인은 처분청에 주식양수법인에게 손해배상금을 지급함으로써 주식양도가액이 조정되었으므로 양도소득세 및 증권거래서를 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 청구인이 주식양수법인에게 지급한 손해배상금은 주식양도가액을 변경하는 것이 아닌 청구인의 별도 채무라고 보아 경정청구를 거부함. III. 결정의 요지 청구인이 주식양수법인과 작성한 주식매매계약서에는 (i) 제5조에서 ‘본 계약상 매도인들의 각 진술 및 보장이 진실하고 정확할 것’이라고 기재되어 있고, (ii) 제9조에서는 매도인이 손해배상의무를 부담하는 경우 매도인에게 지급하여야 하는 매매대금에서 해당 매도인의 손해배상금액을 차감한다고 되어 있다. 나아가 (iii) 주식양수법인은 청구인 등 매도인들에게 주식매매계약상 진술 및 보장 위반에 따른 손해배상을 청구하는 내용증명을 발송하였고 그 내용에는 청구인의 진술 및 보장사항 위반에 따른 손해액이 산정되어 있는 점, (iv) 청구인은 위 진술 및 보장사항 위반을 인정하였고, (v) 이와 같은 사실이 청구인과 양수법인이 작성한 손해배상금 합의서에서 확인되는 점 등에 비추어, 청구인이 주식매매계약서상의 진술 및 보장조항 위반에 따라 양수법인에게 지급한 쟁점손해배상금은 별개의 채무이행이라기보다는 매매대금의 조정으로 봄이 타당하다. IV. note 조세심판원은 비교적 일관되게 주식매매계약서상 진술 및 보증의무 조항에 근거하여 지급된 손해배상금은 매매대금의 조정에 해당하므로 주식의 양도가액에서 제외할 수 있다고 판단하고 있습니다(조심 2013서2201, 2014. 1. 20.; 조심 2013서2376, 2014. 2. 25., 조심 2018전5061, 2020. 2. 17.). 다만, 조세심판원은 주식양도인과 양수인이 주식양도 이후 별도의 합의서를 작성하고 손해배상금을 지급하였으나 그 합의서에 사후에 조정하기로 한 주식양도대금이 특정되어 있지 않고 오히려 손해배상금에는 형사합의금 성격의 금원 등도 포함되어 있는 것으로 보인다는 점 등을 들어 해당 사안의 손해배상금은 매매대금의 조정에 해당하지 않는다고 판단한 바 있습니다(조심 2019전0227, 2019. 12. 19.). 이와 같은 조세심판원 결정례의 취지를 종합하여 보면, 주식양도인이 주식양수인에게 지급한 손해배상금을 주식매매대금에서 차감할 수 있는지 여부는 그 손해배상금의 지급 원인, 손해배상금액의 산정 방법 등의 사실관계를 종합하여 판단하여야 할 것으로 생각됩니다. PDF 다운로드 관련 업무분야 조세 세무조사 조
