I. 취지 감정평가법인이 상표권 등을 수익환원법에 따라 평가한 감정가액은 법인세법상 시가에 해당하나, 특허법인이 비용접근법에 따라 평가한 감정가액은 법인세법상 시가로 보기 어려움. II. 사안의 개요 A사는 2013. 3. 1. 일반의약품 제조 및 판매 사업부문을 물적분할 하여 원고를 설립하였고, 이러한 물적분할에 따라 원고는 위 사업부문에 관한 각종 자산을 승계하였는데, 위 자산에는 이 사건 상표권이 포함되어 있음. 원고는 물적분할로 취득한 자산가액을 A사의 장부가액에 따라 산정하였는데, 이 사건 상표권의 취득가액도 A사의 장부가액으로 반영한 다음, 이를 바탕으로 계산된 감가상각비를 매 사업연도 손금으로 계상하여 법인세를 신고하여 왔음. 원고는 구 법인세법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25194호로 개정되기 전의 것) 제72조 제2항 제3호 나목에서 이 사건 상표권의 정당한 취득가액을 시가에 의하도록 규정하고 있다는 이유로 2019. 1. 9. 2개 감정평가법인(이하 ‘이 사건 감정평가법인’)에 이 사건 상표권의 시가에 대한 감정평가를 의뢰하였음. 원고는 이 사건 상표권의 취득가액을 이 사건 감정평가법인의 감정가액으로 하여 계산된 감가상각비와 당초 A사의 장부가액을 취득가액으로 삼아 손금으로 반영하였던 감가상각비 사이의 차액을 손금에 산입함을 전제로 하여 2013, 2014 사업연도 법인세 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 이 사건 감정평가금액은 소급 감정가액에 해당하여 시가로 인정할 수 없다는 이유로 이를 거부하였음. III. 판결의 요지 1심(서울행정법원 2023. 3. 23. 선고 2021구합68056 판결)은 아래의 사정을 종합하여, 이 사건 감정평가금액을 시가로 보아 이 사건 상표권의 시가로 볼 수 있다고 판시하였습니다. ① 공신력 있는 감정기관에서 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 것이라 볼 수 있다면, 비록 소급감정에 의한 감정가격이라고 하더라도 이를 '시가'로 볼 수 있음. ② 구 감정평가에 관한 규칙(2022. 1. 21. 국토교통부령 제1100호로 개정되기 전의 것) 제23조 제3항은 감정평가업자는 상표권 등을 감정평가할 때에 수익환원법을 적용하여야 한다고 규정하고, 감정평가 실무기준(국토교통부고시 제2018-36호, 2018. 1. 11.) 4.3.1. 제1항도 상표권 등에 대한 감정에 있어서는 원칙적으로 수익환원법으로 감정평가를 실시할 것을 정하고 있음. 또한, 감정평가 실무기준 4.3.2. 제1항은 수익환원법으로 감정평가할 때에 해당 지식재산권으로 인한 현금흐름을 현재가치로 할인하거나 환원하여 산정하는 방법'(제1호) 또는 '기업전체에 대한 영업가치에 해당 지식재산권의 기술기여도를 곱하여 산정하는 방법'(제2호)을 적용하도록 하고 있음. ③ 이 사건 감정평가법인의 이 사건 상표권에 관한 감정평가방법은, 수익환원법 중 현금흐름할인법을 적용한 전형적인 산출 방법에 해당할 뿐만 아니라 구 감정평가에 관한 규칙 및 감정평가 실무기준에도 부합하는 방식이며, 현금흐름할인법의 세부 적용에 있어 이 사건
