I. 취지
코로나19 손실보상금은 특정 진료분야 수입이 아닌 의료법인 전체 의료수입에 대한 손실 보전 차원에서 지급된 것이므로, 이에 대응하는 개별 손금을 특정할 수 없다면 공통손금으로 보아 안분 계산하여야 함. 이때, 공통손금의 범위는 코로나 전담 병상 운영과 실질적으로 관련된 비용으로 한정해야 하며, 일반 진료 및 병원 전체 운영과 관련된 비용은 수익사업의 개별손금으로 보아야 함.
II. 사안의 개요
청구법인은 비영리 의료법인으로, 코로나19 팬데믹 대응 거점전담병원으로 지정되어 2020~2021년 기간 동안 ‘감염병의 예방 및 관리에 관한 법률’에 근거하여 기회비용 보전 성격의 손실보상금(이하 “쟁점 손실보상금”)을 수령하고, 이를 익금에 산입하여 법인세를 신고·납부함.
청구법인은 이후 기획재정부의 유권해석에 따라 쟁점 손실보상금을 익금불산입하는 내용으로 경정청구를 하였으나, 처분청은 전체 의료비용 중 재료비를 제외한 비용(이하 “쟁점 의료비용”)이 의료수익 및 쟁점 손실보상금에 대응되는 공통손금으로써 안분계산 대상이라고 보아 쟁점 의료비용 중 쟁점 손실보상금 비율에 해당하는 금액을 손금불산입하는 내용으로 일부 거부처분함.
III. 결정의 요지
쟁점 : (i) 쟁점 손실보상금에 대응하는 공통손금이 존재하는지 여부, (ii) 공통손금의 범위
1. 쟁점 손실보상금에 대응하는 공통손금이 존재하는지 여부
청구법인은 쟁점 손실보상금은 감염병 전담병원으로 지정됨에 따라 일반환자를 진료하지 못하게 된 데 따른 기회손실을 보전하기 위한 무상급부금으로서, 그 수령을 위해 별도의 용역을 제공하거나 비용을 지출한 사실이 사실이 없으므로 쟁점 의료비용과는 아무런 관련이 없고, 쟁점 의료비용은 수익사업에만 대응하는 개별손금으로 보아야 한다고 주장하였습니다.
이에 대해 조세심판원은 손실보상금은 특정 진료분야가 아닌 의료법인 전체 의료수입에 대한 손실 보전을 위한 것으로, 손실보상금 산정식에 급여·비급여 진료비, 진료비 산출연도의 연평균 신고 병상수, 연평균 영업일수, 종별 환산지수가 반영된바, 의료기관의 인건비, 관리비 등 전체적인 의료비용이 고려되어 지급된 점에 비추어, 청구법인이 지출한 의료비용이 쟁점 손실보상금과 전혀 무관한 손금이라고 볼 수 없다고 판단하였습니다. 따라서 의료수익과 쟁점 손실보상금 모두에 공통되는 손금이 존재하므로, 이 부분은 공통손금으로 안분 계산하는 것이 타당하다고 하였습니다.
2. 공통손금의 범위
청구법인은 쟁점 의료비용을 공통손금으로 보아 안분계산하더라도 의료비용 중 수익사업의 개별손금임이 명확한 부분은 공통손금 범위에서 제외하여야 한다고 주장하는 반면, 처분청은 손익계산서상 의료비용 중 약품비 및 진료재료비를 제외한 금액을 공통손금으로 보아야 한다고 주장하였습니다.
이에 대해 조세심판원은 (i) 「법인세법 시행규칙」 제76조 제6항·제7항이 구분계산의 대상이 되는 공통손금은 익금에 대응하는 것에 한한다고 규정하는바, 코로나 전담 병상 운영과 무관한 비용까지 포함하여 안분하는 것은 수익·비용 대응 원칙에 부합하지 않는 점, (ii) 코로나19 병상 운영과 관련 없는 일반 의료사업(치과, 산부인과, 안과, 재활의학과 등)에 대응되는 개별손금 부분을 쟁점 손실보상금의 공통손금으로 보는 것은 불합리해 보이는 점 등에 비추어 코로나 전담 병동 운영과 직접 관련된 비용(전담 의료진 인건비, 본관 해당 구역의 감가상각비·전기수도료·연료비·수선비 등)만을 공통손금으로 보아야 하며, 그 외 일반 진료 의료진 인건비나 병원 전반의 관리운영비(다른 건물의 감가상각비, 여비, 통신비, 세금과공과, 보험료, 광고비, 의료분쟁비용 등)는 수익사업의 개별손금으로 보아야 한다고 판단하였습니다.
이에 따라 처분청은 청구법인의 손익계산서상 의료비용 중 위와 같은 기준으로 공통손금을 재산정하고, 그 조정된 공통손금을 의료수익과 쟁점 손실보상금 비율에 따라 안분하여 손금불산입액을 다시 계산하여야 한다고 결정하였습니다.
IV. Note
대상 결정은 쟁점 손실보상금이 의료법인의 전체 의료수입 손실을 보전하기 위한 것이라는 이유로 이에 대응하는 공통손금의 존재를 인정하였으나, 이는 손실보상금의 법적 성격을 오해한 잘못이 있다고 판단됩니다. 쟁점 손실보상금은 감염병 전담병원으로 지정됨으로써 일반환자를 진료하지 못하게 된 데 따른 기회손실에 대한 국가의 무상보상금으로서, 전담병원이 국가에게 용역을 공급하고 지급받은 대가로 볼 수 없고, 의료법인이 이를 얻기 위해 별도의 비용이 발생하지 않았습니다. 따라서 실질적으로는 아무런 손금이 대응되지 않는 무상수증이익으로 보아야 하며, 수익·비용 대응 원칙상 그에 상응하는 손비가 존재하지 않는 이상 공통손금을 인정할 근거가 없다고 생각됩니다.
그럼에도 심판원이 손실보상금 산정식에 인건비·관리비 등이 반영되었다는 이유만으로 공통손금을 인정한 것은, 손실보상금의 지급기준(보상액 산정방식)과 수익·비용 대응 개념을 혼동한 결과로 보입니다. 본 결정은 수익·비용 대응 관계가 존재하지 않는 손실보상금에 인위적으로 대응 비용을 설정한 것으로서, 수익·비용 대응 원칙에 반한다고 판단됩니다.
