I. 취지 코로나19 손실보상금은 특정 진료분야 수입이 아닌 의료법인 전체 의료수입에 대한 손실 보전 차원에서 지급된 것이므로, 이에 대응하는 개별 손금을 특정할 수 없다면 공통손금으로 보아 안분 계산하여야 함. 이때, 공통손금의 범위는 코로나 전담 병상 운영과 실질적으로 관련된 비용으로 한정해야 하며, 일반 진료 및 병원 전체 운영과 관련된 비용은 수익사업의 개별손금으로 보아야 함. II. 사안의 개요 청구법인은 비영리 의료법인으로, 코로나19 팬데믹 대응 거점전담병원으로 지정되어 2020~2021년 기간 동안 ‘감염병의 예방 및 관리에 관한 법률’에 근거하여 기회비용 보전 성격의 손실보상금(이하 “ 쟁점 손실보상금 ”)을 수령하고, 이를 익금에 산입하여 법인세를 신고·납부함. 청구법인은 이후 기획재정부의 유권해석에 따라 쟁점 손실보상금을 익금불산입하는 내용으로 경정청구를 하였으나, 처분청은 전체 의료비용 중 재료비를 제외한 비용(이하 “ 쟁점 의료비용 ”)이 의료수익 및 쟁점 손실보상금에 대응되는 공통손금으로써 안분계산 대상이라고 보아 쟁점 의료비용 중 쟁점 손실보상금 비율에 해당하는 금액을 손금불산입하는 내용으로 일부 거부처분함. III. 결정의 요지 쟁점 : (i) 쟁점 손실보상금에 대응하는 공통손금이 존재하는지 여부, (ii) 공통손금의 범위 1. 쟁점 손실보상금에 대응하는 공통손금이 존재하는지 여부 청구법인은 쟁점 손실보상금은 감염병 전담병원으로 지정됨에 따라 일반환자를 진료하지 못하게 된 데 따른 기회손실을 보전하기 위한 무상급부금으로서, 그 수령을 위해 별도의 용역을 제공하거나 비용을 지출한 사실이 사실이 없으므로 쟁점 의료비용과는 아무런 관련이 없고, 쟁점 의료비용은 수익사업에만 대응하는 개별손금으로 보아야 한다고 주장하였습니다. 이에 대해 조세심판원은 손실보상금은 특정 진료분야가 아닌 의료법인 전체 의료수입에 대한 손실 보전을 위한 것으로, 손실보상금 산정식에 급여·비급여 진료비, 진료비 산출연도의 연평균 신고 병상수, 연평균 영업일수, 종별 환산지수가 반영된바, 의료기관의 인건비, 관리비 등 전체적인 의료비용이 고려되어 지급된 점에 비추어, 청구법인이 지출한 의료비용이 쟁점 손실보상금과 전혀 무관한 손금이라고 볼 수 없다고 판단하였습니다. 따라서 의료수익과 쟁점 손실보상금 모두에 공통되는 손금이 존재하므로, 이 부분은 공통손금으로 안분 계산하는 것이 타당하다고 하였습니다. 2. 공통손금의 범위 청구법인은 쟁점 의료비용을 공통손금으로 보아 안분계산하더라도 의료비용 중 수익사업의 개별손금임이 명확한 부분은 공통손금 범위에서 제외하여야 한다고 주장하는 반면, 처분청은 손익계산서상 의료비용 중 약품비 및 진료재료비를 제외한 금액을 공통손금으로 보아야 한다고 주장하였습니다. 이에 대해 조세심판원은 (i) 「법인세법 시행규칙」 제76조 제6항·제7항이 구분계산의 대상이 되는 공통손금은 익금에 대응하는 것에 한한다고 규정하는바, 코로나 전담 병상 운영과 무관한 비용까지 포함하여 안분하는 것은 수익·비용 대응 원칙에 부합하지 않는
