I. 취지
법원의 조정권고에 따른 처분청의 직권취소는 판결이나 판결의 효력에 준하여 이루어진 것이 아니라 단순히 법원의 조정권고안 대로 처분을 변경한 것에 불과하므로 특례부과제척기간의 적용 대상에 해당하지 않음.
II. 사안의 개요
청구인은 2014. 12. 31. 특수관계에 있는 법인들에게 비상장주식인 쟁점 주식을 양도한 이후 양도소득세를 예정신고, 납부하였음.
조사청은 상속세 및 증여세법상 보충적 평가방법에 따라 쟁점 주식 가액을 평가한 후 특수관계법인들이 청구인으로부터 쟁점 주식을 고가로 양수한 것으로 보고(부당행위계산부인), 사외유출 소득의 귀속자를 청구인으로 하는 소득금액변동통지를 함.
그에 따라 처분청은 소득처분금액 상당액을 청구인이 당초 신고한 양도소득에서 차감하여 양도소득세 환급 결정을 하였고, 청구인은 소득처분금액 관련 종합소득세를 수정신고함.
이후 청구인은 종합소득세 경정청구 및 경정거부처분에 대한 불복절차를 진행하였는데, 처분청은 2023. 2. 3. 항소심의 조정권고에 따라 소득처분금액을 감액하여 종합소득세를 환급하였고, 그에 따라 감액된 소득처분금액을 2014년 귀속 양도소득에 가산하여 양도소득세를 부과함(이하 “후행처분”).
III. 결정의 요지
조세항고소송에 있어 법원의 조정권고는 법원이 심리 중인 사건의 신속ㆍ원만한 해결을 위하여 조정을 권고하고 소송당사자들이 이를 받아들이고 소를 취하함으로써 소송이 종결된 것에 불과하므로, 이를 특례부과제척기간 적용 대상인 “소송에 대한 결정이나 판결이 확정된 경우” 또는 “판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위”에 해당한다고 보기 어렵다.
처분청이 항소심 법원의 조정권고를 받아들여 종합소득세 일부를 취소한 것은 판결이나 판결의 효력에 준하여 이루어진 것이 아니라 단순히 조정권고안의 기재내용 대로 처분을 변경한 것에 불과하므로, 처분청이 법원의 조정권고가 특례부과제척기간 적용 대상이라고 보아 후행처분을 한 것은 잘못이 있다고 판단된다.
IV. NOTE
국세기본법 제26조의2 제6항의 특례부과제척기간은, 부과제척기간이 만료되면 과세권자가 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 조치도 할 수 없으므로 과세처분에 대하여 행정심판청구 또는 행정소송이 제기되고 그 쟁송절차가 장기간 지연되어 그 결정 또는 판결이 부과제척기간이 지난 후에 행하여지는 경우 그 결정이나 판결에 따른 조치도 할 수 없게 되는 불합리한 사례가 생길 수 있기 때문에 이를 구제하기 위한 취지의 제도입니다(대법원 1996. 5. 10. 선고 93누4885 판결 등 참조).
같은 취지에서 국세기본법은 제45조의2 제2항에 후발적 경정청구제도를 두어, 납세의무 성립 후 “소송에 대한 결정이나 판결이 확정된 경우” 또는 “판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위” 등 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 허용하고 있습니다.
위와 같은 취지를 고려하여, 국세기본법 제26조의2 제6항 제5호 및 제45조의2 제2항 제1호는 공통적으로 ‘최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 심사청구, 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때’를 특례부과제척기간 및 후발적 경정청구 사유로 정하고 있습니다.
조세심판원은 일관되게 법원의 조정권고에 따른 직권취소는 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않는다고 판단하여 왔는데(조세심판원 2025. 4. 8.자 2015서0931 결정 등 참조), 이 사건은 법원의 조정권고에 따른 직권취소는 납세자의 입장에서 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않는 것과 동일한 이유에서 과세관청의 입장에서도 특례부과제척기간 적용 대상에 해당하지 않는다는 점을 확인하였습니다.
