I. 취지 상시근로자 수는 합병등기일을 기준으로 실제 승계시키거나 승계한 상시근로자 수가 아니라, 위 각 과세연도 동안 매월 말 현재 상시근로자 수 자체를 의미함. II. 사안의 개요 원고는 2015. 5. 19. 기업인수 목적으로 설립되었는데, 2016. 9. 21. 이 사건 피합병법인을 흡수합병한 후(이하 ‘이 사건 합병’), 같은 날 상호를 피합병법인의 상호로 변경하였음. 이 사건 합병은 구 법인세법(2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제44조 제2항 각 호의 요건을 모두 갖춘 적격합병에 해당함. 이 사건 피합병법인은 이 사건 합병 전에 약 118억원(이하 ‘이 사건 투자금액’)을 투자하여 창고시설을 신축하였음. 이 사건 피합병법인은 2016 의제사업연도(2016. 1. 1.부터 2016. 9. 21.까지)에 대한 법인세를 신고하면서 이 사건 투자금액에 대하여 구 조세특례제한법(2016. 12. 20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’) 제26조 제1항에 따라 고용창출투자세액공제를 적용하였는데, 구 조세특례제한법 시행령(2017. 2. 7. 대통령령 제27848호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법 시행령’) 제23조 제13항 제3호를 적용할 경우 해당 사업연도 상시근로자 수의 증가인원이 0명으로 산출되어, 추가공제 없이 기본공제 금액만을 적용하였음. 이처럼 세액공제가 이루어지지 않은 추가공제와 관련하여 구 조특법 제144조 제3항에 따라 이 사건 피합병법인에 대하여 이월 가능한 고용창출투자세액공제 금액은 약 7억원임(이하 ‘이 사건 추가공제금액’). 원고는 2016, 2017 사업연도 법인세를 신고하면서, 이 사건 추가공제금액을 승계하여 이월공제하는 것으로 하여, 2016, 2017 사업연도에 합계 약 7억원을 공제하였음. 원고는 위와 같이 이월공제되는 금액을 계산하는 과정에서, 구 조특법 시행령 제23조 제13항 제3호 가목에 따라 합병법인으로서 ‘승계한 상시근로자 수’를, 합병등기일을 기준으로 이 사건 피합병법인으로부터 실제 승계한 총 인원 수가 아니라, 이 사건 피합병법인의 직전 과세연도의 매월 말 현재 상시근로자 수를 전제로 삼았음. 서울지방국세청장이 고용창출투자세액공제의 추가공제분은 구 법인세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제81조 제3항 제2호에 따라 합병법인이 승계하여 이월공제할 수 있는 세액공제에 해당하지 않는다고 판단함에 따라, 피고는 2018. 10. 24. 이 사건 추가공제금액을 부인하여 원고에게 2016, 2017 법인세 법인세 합계 약 8억원(가산세 포함)을 부과함(이하 ‘이 사건 처분’). III. 판결의 요지 1. 관련 규정 구 조특법 제144조 제3항은, 고용창출투자세액공제의 이월공제를 적용받기 위해서는 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수를 초과하는 경우, 그 상시근로자 수를 기초로 계산된 금액을 한도로 하여 이월된 세액공제액을 적용할 수 있도록
