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[조세심판원 결정] 장기할부판매 중 공급받는 자를 흡수합병하는 경우 잔여공급가액에 대한 세금계산서를 발급하여야 하는지 여부(조세심판원 2025. 12. 2.자 2025서2586 결정)

발행일 · 2026-02-27

I. 취지 공급자가 장기할부판매 중 공급받는 자를 흡수합병하고 합병 이후 잔여공급가액에 대하여 합병 재무제표상 미수금과 미지급금으로 적정하게 상계처리하였다면, 잔여공급가액에 대하여는 세금계산서를 발급 의무를 부담하지 않음. II. 사안의 개요 청구법인은 2021. 10. 29. 공급자부터 방송영상장비를 공급받은 후 같은 날 공급받은 물품 일체를 자회사 B에게 인도일이 속하는 달의 초일로부터 매 3개월마다 물품대금을 16회차로 균등분할하여 지급하는 장기할부조건 계약을 통해 지급(이하 “쟁점거래”)하기로 하였고, 대가를 지급하기로 한 때를 세금계산서의 공급시기로 보아 세금계산서를 교부하였다. 청구법인은 2022. 1. 31.부터 2022. 10. 31.까지 4회에 걸쳐 세금계산서를 교부하였고, 12회차의 잔여공급가액(이하 “잔여공급가액”)이 남은 상태에서 2022. 12. 30. 자회사 B를 흡수합병하였고, 이후 잔여공급가액에 대하여는 세금계산서를 발급하지 않았다. 처분청은 청구법인이 잔여공급가액의 세금계산서를 발행하지 않은 것에 대하여 부가가치세를 경정ㆍ고지하였다. III. 결정의 요지 청구법인은 쟁점거래를 통하여 방송영상장비를 공급하기로 계약한 후, 쟁점거래 중에서 세금계산서를 4회 교부한 후 2022. 12. 30. 자회사 B를 흡수합병하였으며, 쟁점거래 중 부가가치세법상 재화의 공급시기가 도래하지 아니한 12회의 잔여공급가액은 합병 이후 그 재화의 공급시기가 도래한 점, 잔여공급가액은 합병 이후 청구법인 스스로 세금계산서 발행과 매입세액공제를 받는 형태가 되어 부가가치세법상 재화의 공급으로 보기 어려워 보이는 점, 이 건 합병은 청구법인이 피합병법인인 자회사 B의 권리의무를 승계한 것으로서 폐업일을 공급시기로 의제하고 있는 일반적인 폐업으로 단정하기 어려운 점, 공급시기가 도래하지 아니한 잔여공급가액에 대하여 합병 이후에는 재무제표상 미수금과 미지급금으로 적정하게 상계처리하였다면 이를 인정하는 것이 합병 및 세금계산서 수수 취지 등에 부합하는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 잔여공급가액에 대하여 청구법인에게 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다. IV. note 부가가치세법 제15조 제2항 및 같은 법 시행령 제28조 제3항 제1호는 장기할부판매의 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 재화의 공급시기로 본다고 규정하고 있으며, 이와 별도로 부가가치세법은 장기할부판매 기간 중 재화를 공급하는 자가 공급받는 자를 흡수합병되는 경우의 공급시기에 관하여는 별도의 규정을 두고 있지 않습니다. 위와 같은 규정에 의하면, 장가할부판매 기간 중 재화를 공급하는 자가 공급받는 자를 흡수합병하는 경우에도 잔여공급가액에 관하여 세금계산서를 발급하여야 한다고 보더라도, 재화의 공급시기는 대가의 각 부분을 받기로 한 때로 보아야 할 것입니다. 그러나 상법 제235조는 “합병후 존속한 회사 또는 합병으로 인하여 설립된 회사는 합병으로 인하여 소멸된 회사의 권리의무를 승계한다.”라고 정하고 있고, 민법 제507조는 “채권과 채