I. 배경
구 법인세법(2024. 12. 31. 법률 제20613호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 법인세법”) 제21조 제5호는 ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다’고 규정하고 있습니다.
그리고 구 장애인고용촉진 및 직업재활법(2021. 7. 20. 법률 제18308호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 장애인고용법”)은 제28조 제1항에서 상시 50명 이상의 근로자를 고용하는 사업주는 근로자 총수의 5% 범위에서 대통령령으로 정하는 비율(이하 “의무고용률”) 이상에 해당하는 장애인을 고용하도록 정하고 있고, 제33조 제1항에서 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주는 매년 고용노동부장관에게 부담금(이하 “장애인고용부담금”)을 납부하도록 정하고 있습니다.
원고는 구 장애인고용법에 따라 2018년도분 및 2019년도분 각 장애인고용분담금을 신고·납부하였고, 2019, 2020 사업연도 법인세 신고 시 위 장애인고용분담금을 손금에 산입하지 않고 법인세를 신고·납부하였습니다.
이후 원고는 피고에게 위 장애인고용분담금은 구 법인세법 제21조 제5호에 따른 손금불산입 대상에 해당하지 않는다는 이유로 2019, 2020 사업연도 법인세의 각 환급을 구하는 경정청구를 하였습니다.
그러나 과세관청은 장애인고용부담금은 구 법인세법 제21조 제5호에서 손금불산입 대상으로 정하고 있는 ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금’에 해당한다는 이유로 경정청구를 거부하였습니다.
II. 대법원 2026. 3. 12. 선고 2024두30809 판결의 주요 내용
대법원 2026. 3. 12. 선고 2024두30809 판결(이하 “대상판결”)은 법인세법상 손금불산입 대상인 공과금의 범위에 관한 규정의 개정연혁 등에 비추어 보면, 법인세법상 공과금이란 국가 또는 공공단체에 의하여 법인의 사업·자산·거래 등에 수반하여 강제적으로 부과되는 것으로서 원칙적으로 손금에 산입되어야 하지만, 의무 불이행이나 금지·제한 위반에 대한 제재로 부과되는 공과금의 손금 산입을 허용한다면 제재효과가 경감시키는 결과를 초래할 수 있다는 정책적 고려가 반영된 것이므로, 어느 공과금이 손금불산입 요건을 충족하였는지 여부는 조세법률주의에 따라 엄격하게 해석하여야 할 것이라고 판시하였습니다.
대상판결은 위와 같은 법리를 전제로, 장애인 고용부담금제도는 고용에 어려움을 겪는 장애인의 고용촉진을 주된 목적으로 하는 ‘유도적ㆍ조정적(특별)부담금’의 성격이 강하다고 볼 수 있다는 점 등에 비추어 보면(헌법재판소 2003. 7. 24. 선고 2001헌바96 전원재판부 결정 참조), 장애인고용부담금은 구 법인세법 제21조 제5호가 정한 손금불산입 대상인 ‘법령에 따른 의무 불이행에 대한 제재로서 부과된 공과금’으로 볼 수 없다고 판단하였습니다.
III. 시사점
한국장애인고용공단 통계에 따르면, 2025 사업연도(2024년도분)에는 8,520개 사업체가 합계 약 9,179억 원의 장애인고용부담금을 신고하였고, 2024 사업연도(2023년도분)에는 8,559개 사업체가 합계 약 9,180억 원의 장애인고용부담금을 신고하였습니다.
이처럼 매년 9,000억 원이 넘는 장애인고용부담금이 징수되고 있음에도, 납세의무자인 법인들은 과세관청의 기존 입장에 따라 이를 손금에 산입하지 않은 채 법인세를 신고·납부하여 왔습니다.
그러나 대상판결을 통해 장애인고용부담금이 법인세법상 손금불산입 대상인 공과금에 해당하지 않는다는 점이 명확해졌으므로, 과거 장애인고용부담금을 납부하고 이를 손금불산입하여 법인세를 신고·납부한 법인들은 관련 법인세를 환급받을 수 있을 것입니다.
